Namun oleh pihak gereja teori ini dianggap menyesatkan iman serta menistakan ajaran agama oleh Kardinal Robertus Bellarminus, dan sejak saat itu banyak pihak Gereja Katolik, Gereja Protestan termasuk Martin Luther menentang keras teori heliosentris ini. Mereka tetap bersikukuh bahwa bumi adalah datar dan sebagai pusat alam semesta.
Pada akhirnya tim investigasi Gereja melalui komite Inkuisisinya menggugat Galileo yang saat itu telah berumur 70 tahun dan kemudian pengadilan memutuskan Galileo menjadi tahanan rumah seumur hidup sampai akhirnya tutup usia.
Kemudian pada tahun 1992, keputusan penghukuman kepada Galileo Galilei dianggap sebagai kesalahan besar dari pihak Gereja. Sehingga oleh Paus Yohanes Paulus II, Â memutuskan untuk merehabilitasi nama baik Galileo, dan dipertegas lagi pada tanggal 21 Desember 2008 melalui pidato Paus Benediktus XVI, bahwa Gereja Katolik Roma mengakui kekhilafannya dan merehabilitasi nama Galileo sebagai ilmuwan penyumbang terbesar bagi dunia sains modern.
Rene Descrates adalah tokoh filsafat yang mendukung teori Galileo yang berjudul The World, sehingga memantik permusuhan besar dengan pihak Gereja, dan akhirnya puncak ketegangan tersebut semakin menjadi-jadi tatkala Rene Descrates menerbitkan buku tentang Meditations on First Philosophy.
Dalam buku tersebut Descrates menyatakan bahwa suatu kebenaran tidak bisa hanya disampaikan oleh ucapan lisan saja atau berdasarkan warisan cerita orang-orang yang dianggap suci, karena kebenaran hanya bisa ditemukan melalui penyelidikan ilmiah serta penelitian sains agar terbukti akurat tanpa kebohongan yang diagung-agungkan.
Setelah itu kehidupan Rene Descrates berubah 180 derajat, tentang bukunya tersebut menuai pertentangan dan kritikan keras dari pihak gereja, negarawan serta masyarakat.
Rene Descrates dianggap menistakan agama hingga akhirnya mendapat cemooh, olok-olok dan dikucilkan, sampai banyak orang yang menginginkan agar Rene segera dihukum mati, sampai penghujung hidupnya Rene Descrates tetap mempertahankan prinsipnya dan tutup usia di umur 53 Tahun.
Girodano Bruno juga mendukung teori Copernicus dan sempat menciptakan karyanya yang menjadi kontroversial tetang bintang hanyalah matahari yang dikelilingi oleh exoplanet.
Pada masa itu sistem pengadilan yang dikembangkan oleh Tahta Suci Gereja Katolik Roma pada pertengahan kedua abad ke-16 sedang  memburu penganut ajaran sesat, termasuk para tokoh ilmuwan, serta cendekiawan.
Tentang teorinya ini membuat Bruno langsung dianggap sesat dan menista kesucian agama. Hingga akhirnya Girodano Bruno dijebloskan ke dalam penjara dan diancam hukuman mati.
