   Kemudian, setelah kekuatan Gerilya itu di buat,Indey dan pasukan membantu menyelamatkan anggota RPKAD di Irian Barat selama TRIKORA.Isi dari TRIKORA tersebut yaitu menggagalkan pembentukan negara boneka Papua oleh Belanda, kibarkan merah putih di Irian Barat dan bersiap untuk mobilisasi umum demi mempertahankan kedaulatan dan kesatuan NKRI.Karna takut akan warganya tersakiti,Indey pun menyuruh warga untuk bersembunyi di rumahnya agar terlindungi dari peperangan yang terjadi."Masukkan dan jangan keluar rumah ketika ada serangan."ujarnya.Di tahun yang sama,ia menyampaikan piagam Kota baru kepada proklamator, Presiden Republik Indonesia pertama (1945-1966) Presiden Soekarno.Piagam tersebut berisi tentang penegasan tekad rakyat Irian Barat untuk tetap setia kepada NKRI.
   Soekarno : "Terimakasih,telah berjuang untuk RI,dan terus
              setia kepada Papua tanah kelahiranmu."
   Indey     : "itu semua sudah menjadi kewajiban kami,karna
              Indonesia berbeda tetapi tetap menjadi satu
              kesatuan.Karna saya yakin Belanda akan
              terkalahkan dengan kita sama-sama terus maju
               dan bersatu."
   Soekarno : "Tekatmu begitu keras! Berangkatlah ke New York,
              sampaikan tuntutan kepada PBB agar masa
              pemerintah di persingkat dan Irian barat segera di
              dimasukan ke dalam wilayah RI.
   Akhirnya,bulan Desember 1962,guna melakukan perundingan dengan utusan Belanda mengenai pengembalian Irian Barat ke dalam wilayah RI,bersama F.Y Bonay,Marthen Indey di berangkatkan ke New York sebagai anggota delegasi Indonesia mewakili Irian Barat untuk menyampaikan tuntutan kepada PBB agar masa pemerintahan di persingkat dan Irian Barat segera di masukkan kedalam wilayah RI.
   Lalu TRIKORA di akhiri dengan perjanjian antara RI dan Belanda.untuk sementara,PBB adalah pemegang kekuasaan Irian Setelah itu pada 1 Mei 1963 dimana secara resmi UNTEA(United Nations Temporary Executive Authority) menyerahkan kembali wilayah Irian Barat kepada pemerintahan Indonesia.Saat itu pula Bendera merah putih kembali dikibarkan di tanah Irian Barat secara gagah berani.Sesudah Irian Barat resmi menjadi wilayah RI dan namanya di ganti menjadi Irian Jaya.Tetapi Marthen indey tidak berhenti sampai disini,ia masih menyumbangkan tenaganya untuk membangun daerah itu.
   Atas semua perjuangan,kerja keras dan pengorbanannya,Marthen Indey kemudian di angkat menjadi anggota MPRS(Majelis Permusyawaratan Rakyat Sementara) mewakili Irian Jaya.Namun tak lama dari itu,Marthen indey wafat pada 17 Juli 1986 di Jayapura.Tetapi sebagai kehormatan warga kepada beliau dan atas semua jasanya,ia pun di anugerahi Pahlawan Nasional pada 14 September 1993.Dan namanya pun dijadikan sebagai nama Rumah Sakit di Jayapura.
