Tantangan yang mungkin dihadapi dalam penerapan pajak atas natura
- Ketika imbalan yang didistribusikan tidak untuk individual melainkan imbalan untuk dinikmati untuk seluruh pegawai lebel bawah sampai level atas.
- Tunjangan atau allowance untuk karyawan yang di samarkan sebagai biaya penggantian atau pengeluaran lainnya, ini memungkinkan karyawan yang menjadi penerima penghasilan menghindari dari kewajiban perpajakannya .
- Kesulitan didalam melakukan pengukuran nilai manfaat natura tersebut.
Semoga dalam petunjuk pelaksanaannya mengenai pajak atas natura ini, fiscus dapat merincikan objek-objeknya agar masyarakat mendapatkan kepastian hukum, dan pemerintah harus melakukan penyempurnaan  dan peningkatan kapasitas fiscus dikarenakan perubahan ini melibatkan banyak hal, seperti pencatatan akuntansi pada perusahaan yang cukup kompleks, smisal mendapatkan fasilitas rumah / tempat tinggal sebagai pemberian natura, maka perlu diperjelas termasuk jenis apapun yang melekat pada rumah tsb atau justru dikecualikan.
Contoh natura lainnya adalah berupa fasilitas mobil, bagimana valuasi atau pengukuran nilai dari fasilitas tsb apakah dari nilai asset atau dari nilai pasar, dsb.
