Ketika menjadi presiden pun masalah besar menghadangnya. Saat Indonesia "kehilangan" Timor Timur tidak sedikit orang yang mencaci dan menyalahkan beliau karena Indonesia kehilangan satu provinsi yang kini menjadi negara Timor Leste.
Keputusan Pak Habibie menyetujui referendum merupakan visi ke depan beliau yang jarang dapat terbaca oleh orang saat itu.
Keputusan beliau itulah yang dalam perjalanan waktu kelak membuat Indonesia terlepas dari belenggu dan cercaan dunia internasional terkait pelanggaran HAM.
Visi Pak Habibie juga telah membebaskan beban politik dan ekonomi yang sangat berat terkait Timor Timur yang kini terbukti bahwa walaupun cukup pahit tapi keputusan referendum untuk memberi kesempatan rakyat Timor Timur adalah keputusan yang tepat.
Kini terbukti kemerdekaan Timor Timur tidak saja ibarat memotong kanker yang sudah kronis, namun juga membuktikan bahwa keinginan merdeka untuk menggapai kehidupan yang lebih baik ternyata sampai saat ini masih menjadi mimpi masyasrakat Timor Leste.
Sebagai istri orang terkenal dan juga ibu negara kita sangat jarang melihat Ibu Ainun ikut campur di depan umum terkait urusan pekerjaan Pak Habibie. Ibu Ainun tidak pernah mengeluh, namun sebaliknya tetap cerita mendapingi Pak Habibie sebagi istri dan ibu rumah tangga yang menampilkan sosok anggun yang sangat bersahaja.
Di era karier politiknya Pak Habibie tidak pernah menimbulkan kegaduhan politik. Ketika masa jabatannya habis sebagai presiden sekalipun beliau tidak pernah bersikeras untuk minta fasilitas khusus ataupun ngoyo untuk tetap mempertahankan kekuasannya.
Pak Habibie lebih memilih berperan sebagai "bapak bangsa" yang selalu membuka pintu rumahnya lebar lebar bagi siapa saja untuk meminta saran dan pendapat termasuk orang yang pernah membenci beliau.
Beliau lebih memilih memperkaya aktivitas sosial yang menyuburkan pola pikir beliau yang jenius dalam menghabiskan sisa hidup beliau.
Ketika ditinggal oleh Ibu Ainun untuk selama-lamanya beliau memang tampak sangat terpukul namun tetap memilih untuk tawakal dan menerima takdir dengan tabah walaupun sudah dipastikan sangat menyakitkan.
