Pemerintah daerah dan aparat keamanan setempat akhirnya terlibat dalam upaya meredakan kerusuhan. Pasukan polisi dan tentara dikerahkan untuk menenangkan situasi dan mengendalikan massa. Namun, upaya ini tidak langsung membuahkan hasil karena ketegangan dan kebencian antara kedua kelompok sudah terlalu mendalam. Pada akhir Februari 1999, pihak kepolisian akhirnya berhasil menenangkan keadaan dengan melakukan penyisiran dan pengamanan yang lebih intensif. Â
Konflik ini akhirnya mereda setelah pihak berwenang melakukan berbagai langkah untuk meredakan ketegangan dan memperbaiki hubungan antara kedua suku. Pemerintah daerah dan lembaga keagamaan terlibat dalam upaya rekonsiliasi dan pemulihan hubungan sosial antara masyarakat Madura dan Melayu. Namun, dampak dari kerusuhan ini cukup besar, dengan banyaknya rumah yang dibakar, kerugian material yang signifikan, serta luka-luka dan korban jiwa di kedua belah pihak. Â Â Â
Upaya Perdamaian yang dilakukan Â
Setelah konflik yang berkepanjangan, pemerintah akhirnya turun tangan untuk menyelesaikan konflik ini. Ada beberapa upaya yang dilakukan pemerintah untuk menghentikan sekaligus mendamaikan pihak-pihak yang berkonflik, upaya-upaya tersebut antara lain: Â
1.Pengerahan Aparat Keamanan Â
Salah satu langkah pertama yang diambil oleh pemerintah adalah mengerahkan aparat keamanan baik dari kepolisian maupun militer untuk mengatasi kerusuhan yang terjadi. Pasukan keamanan ditempatkan di lokasi-lokasi yang rawan konflik untuk menenangkan situasi dan menghentikan aksi kekerasan antar kelompok. Pengerahan pasukan ini bertujuan untuk mengembalikan ketertiban dan mencegah terjadinya kerusuhan lebih lanjut. Â
2.Pendekatan Rekonsiliasi Sosial Â
Setelah situasi mulai mereda, pemerintah daerah bersama dengan tokoh-tokoh masyarakat baik dari Suku Madura maupun Melayu melakukan pendekatan untuk menyelesaikan perbedaan yang ada melalui jalur rekonsiliasi sosial.
Pendekatan ini mencakup dialog antar kelompok etnis yang terlibat dalam konflik dengan tujuan mengatasi kebencian yang timbul akibat peristiwa tersebut. Rekonsiliasi ini berfokus pada pemulihan hubungan sosial yang buruk akibat kekerasan. Â
3.Pemekaran Wilayah Sambas Â
Dampak dari konflik ini juga berpengaruh terhadap wilayah Kabupaten Sambas. Pada akhirnya, terjadi pemekaran wilayah pada Kabupaten Sambas menjadi tiga kabupaten yaitu  Kabupaten Sambas, Kabupaten Singkawang, dan Kabupaten Bengkayang. Melalui pemekaran tersebut, terjadi kesepakatan dimana warga Madura tidak boleh menetap di Kabupaten Sambas dan hanya boleh menetap di wilayah lain. Â