Pendidikan islam itu sangat penting sebagai bekal di kehidupan dunia maupun akhirat. Pesantren juga berfungsi sebagai tempat penyiaran dan penyebaran dakwah agama islam. Pesantren tidak hanya memberikan ilmu dengan teks, namun juga melatih dan meninggikan moral, menghargai nilai kemanusian, spiritual, kebersamaan dan nilai sosial. Menjadikan santri menjadi pribadi yang yang bersih hatinya.
    Kelebihan pendidikan pesantren adalah kemampuan yang harus menciptakan sikap kehidupan yang luas dan menyeluruh yang harus diikuti oleh seluruh santri sehingga dapat menumbuhkan sikap mandiri dan tidak bergantung terhadap masyarakat. Perkembangan dan kelebihan pada pesantren juga erat kaitannya dengan sistem manajemen pendidikan yang dikembangkan oleh lembaga pesantren. Jadi, perubhan yang akan muncul pada lingkungan pesantren baik itu diluar pesantren maupun di dalam pesantren merupakan pengaruh yang besar terhadap perubahan perilaku suatu kelompok maupun wadahnya.
   Pesantren tidak hanya pmempelajari tentang keagamaan saja tetapi, juga menjadi lembaga pengembangan masyarakat agar bisa menciptakan pemimpin yang bisa diandalkan dan mendapatkan kepercayaan dari banyak orang. Dalam pesantren ada berbagai motede pengajaran yaitu :
1.Metode Sorongan. Metode ini berasal dari bahasa jawa yaitu menyodorkan, sistem pengajaran dorongan ini termasuk sistem pengajaran yang individual. Sistemya seorang santri berhadpan dengan kyai/guru, terjadilah dialog dan interaksi antar santri dan kyai/guru dan bisa mengenal antar satu dengan yang lain. Sistem iini mungkin bisa membantu sorang kyai/guru membimbing, mengawasi dan menilai kemampuan santri, apahkah santri tersebut sudah faham akan materi pelajaran tersebut atau belum.
2.Metode Bandongan/Wetonan. Metode ini berasal dari bahasa jawa juga yang artinya waktu metode ini dilakukan terhadap santri untuk menyimak dan mendengarkan kitab apa yang dijelaskan oleh kyai/guru. Biasanya sitem ini dialukan saat stelah sholat subuh seperti menerjemahkan kitab taklim, sistemnya para santri melingkari atau mengelilingi kyai/guru. Biasanya kyai/giru mnerjemahkan kitab itu dengan bahasa jawa.
3.Metode Musyawarah. metode ini mirip dengan diskusi. Biasanya sistem seperti ini langsung dipimpin oleh kyai/guru atau mungkin sanntri senior, untuk membahas persoalan yang sedang diperbincangkan sebelumnya. Sistem ini lebih lebih mendalami kepampuan perseorangan dalam menganalisis dan memecahkan suatu masalah dan persoalan dengan memberikan sumber dan mengacu pada kitab kitab yang ada. Dalam beberapa pesantren metode ini dikenal dengan nama bat'ul matsa'il.
4.Metode Hafalan sistem ini langsung dipantau oleh kyai/ustad. Biasanya santri diminta untuk menghafal suratsurat dalam Al-Qur'an atau hadist dan lain-lain. Apabila nanti waktunya tersebut sudah habis maka santri wajib menyetor kepada kyai/ustad dengan cara membaca langsung dihadapan kyai/ustadnya. Setelah menyetor hafalan santri juga diminta untuk muraja'ah dari hafalan-hafalan yang sebelumnya.
   Manajemen mutu pendidikan berbasis pesantren merupakan sebuah pengelolalaan atau manajemen yang dilakukakan secara terus menerus sesuai dengan standar yang telah ditentukan, yang berorientasi pada peningkatan kualitas pendidikan mengacu pada nilai-nilai pesantren/islami yang telah mendaya ditengah-tengah masyarakat indonesia ini. Semua fungsi-fungsi manajamen mutu pendidikan berbasis pesantren dilakukan dengan cara kerjasama tim, produktivitas dan juga kepuasan tim tersebut, sehingga lembaga tersebut mampu dikelola secara efektif dan efisien. Dengan mengedepankan asas keadilan, musyawarah dan keterbukaan dalam mewujudkan pendidikan yang bermutu.
Sedangkan pendidikan bebasis pesantren terdapat tiga karakteristik yang ada didalam pendidikan berbasis pesantren:
Sebagai lembaga tradisional
Tradisionalisme pada pendidikan berbasis pesantren harus dipahami sebagai contoh tauladan yang dilakukan para ulama salaf yang masih murni dalam menjalankan agama islam agar terhindar dari hal-hal yang dilarang oleh agama.