Kemudian legalitas peraturan perundang-undangan mengenai agama masih dipersoalkan. Kondisinya diperparah pula oleh kurangnya pemahaman aparatur negara, kurangnya kesadaran tokoh maupun umat beragama terhadap peraturan mengenai pendirian rumah ibadah maupun penyebaran ajaran agama.
Konflik masyarakat bernuansa agama di Indonesia hingga kini masih sering terjadi di berbagai daerah. Baik konflik internal umat beragama,maupun konflik eksternal. Konflik internal umat beragama yang sering terjadi di Indonesia antara lain, pemahaman yang menodai atau menyimpang dari agama.
Kemudian pemahaman yang radikal, menganggap alirannya benar dan orang lain salah serta  pemahaman secara liberal yang melaksanakan ajaran agama semaunya, tanpa mengikuti kaedah yang ada. Konflik eksternal antarumat beragama di Indonesia juga masih sulit dibendung, Masalahnya konflik tersebut umumnya tidak murni disebabkan oleh faktor agama melainkan faktor ekonomi, politik dan sosial.
Namun nonagama tersebut  dikait-kaitkan dengan agama. Konflik eksternal antarumat beragama tersebut antara lain disebabkan, adanya paham radikal disebagian kecil kelompok agama yang hanya mengakui kebenaran agamanya.
Kemudian kurang efektifnya pelaksanaan regulasi baik karena status hukumnya yang masih dipersoalkan, kurangnya pemahaman sebagai aparatur negara atau kurangnya kesadaran tokoh dan umat beragama tentang aturan – aturan pemerintah mengenai agama.
2. Penistaan terhadap agama
Seperti kita lihat peristiwa Pilgub Jakarta kemarin membuat suhu politik memanas, rakyat terbagi-bagi, umat islam yang merupakan pemeluk agama mayoritas di Indonesia merasa terusik dengan perkataan Pak Ahok, mereka langsung menggelar demo dengan beberapa tahap dan akhirnya semua telah terselesaikan dengan beberapa kali sidang dan hukum telah di tegakkan. Namun, ada beberapa pihak yang tidak suka dengan  hasil perkara tersebut yang menyebabkan kerukunan semakin longgar.
Dalam kasus pak Ahok ini membuat umat islam di Indonesia menjadi satu dan semakin kuat. Dibuktinya dengan adanya demo yang sampai berulang-ulang kali hanya untuk memasukan pak Ahok kepenjara.
Di dalam semakin kuatnya umat islam di Indonesia tersebar luasnya berita hoax yang akan adanya makar. Untuk mengubah pendoman bangsa Indonesia dari Pancasila ke Agama Islam. Namun, masih banyak orang yang salah paham dengan adanya demo tersebut.
Agar peristiwa tersebut tidak terulang kembali, marilah kita sesama rakyat Indonesia menjaga baik-baik perkataan atau perbuatan kita kepada saudara yang tak seiman dengan kita. Hendaknya janganlah kita memasuki ranah agama saudara-saudara kita yang tidak seiman dengan kita yang tidak kita fahami, yang mana akibat karena kurang kita fahami membuat mereka merasa tersinggung. Oleh karena itu, seharusnya kita harus memfahami agama kita masing-masing terlebih dahulu
Setelah Proklamasi kemerdekaan Indonesia dikumandangkan, pemerintah pada tanggal 3 Januari 1946 menetapkan berdirinya Departemen Agama RI dengan tugas pokok, yaitu menyelenggarakan sebagian dari tugas umum pemerintah dan pembangunan dalam bidang agama.Â
