Toleransi yakni suatu perbuatan yang melarang terjadinya diskriminasi sekalipun banyak terdapat kelompok atau golongan yang berbeda dalam masyarakat. Toleransi ini bisa terlihat jelas pada agama,toleransi agama sering kali kita jumpai di masyarakat. Adanya toleransi agama menimbulkan sikap saling menghormati masing-masing pemeluk agama lainnya.
Toleransi antar umat beragama yaitu menyakini bahwa agamaku adalah agamaku dan agamamu adalah agamamu tetapi disini harus saling respect / menghargai agama orang lain dan tidak boleh memaksakan orang lain untuk menganut agama kami. Serta kami tidak diperbolehkan untuk menjatuhkan, mengejek-ngejek dan mencela agama orang lain dengan alas an apapun karena sejatinya kita adalah sama-sama manusia yang hidup berdampingan.
Sepanjang sejarah agama dapat memberi sumbangsih positif bagi masyarakat dengan memupuk persaudaraan dan semangat kerjasama antar anggota masyarakat. Namun sisi yang lain, agama juga dapat sebagai pemicu konflik antar masyarakat beragama.
Ini adalah sisi negatif dari agama dalam mempengaruhi masyarakat di Indonesia. Terdapat beberapa hal yang dapat menimbulkan konflik seperti konflik internal dari umat agamanya sendiri maupun konflik antar agama.
Penyebab konflik internal umat beragama seperti:
1.Perilaku yang menodai atau menyimpang dari agama
Perilaku keagamaan yang menyimpang ialah suatu bentuk perilaku yang tidak sesuai dengan norma-norma agama yang dianut oleh seseorang, kelompok, atau masyarakat. Norma keagamaan merupakan salah satu bentuk norma yang menjadi tolok ukur tingkah laku keagamaan seseorang, kelompok atau masyarakat yang mendasarkan nilai-nilai luhurnya pada ajaran agama.
Sebagai contoh, disetiap agama mengajarkan kebaikan dan perdamaian. Tidak ada satupun agama yang mengajarkan pertengkaran. Tetapi kenyataannya dalam berbagai lapisan masyarakat, yang berpendidikan tinggi maupun rendah, yang kaya ataupun miskin, yang mengakui memiliki tingkat keimanan kepada tuhannya tinggi tetap melakukan perilaku yang dapat menimbulkan pertengkaran baik sesama agamanya maupun berlainan. Sebagian orang hanya dapat memahami tetapi tidak melakukan hal yang diperintahkan oleh agamanya.
2.Munculnya Ajaran Sesat dan Radikalisme
Radikalisme dari sudut pandang keagamaan dapat di artikan sebagai paham keagamaan yang mengacu pada fondasi agama yang sangat mendasar dengan fanatisme keagamaan yang sangat tinggi, sehingga tidak jarang penganut paham/aliran tersebut tersebut menggunakan kekerasan untuk mengaktualisasikan paham keagamaan yang dianut dan diyakininya. ketika terjadi kesalah pahaman dalam  agama menimbulkan gerakan radikal.
Kebiasaan stigma Radikalisme, suatu kelompok akan menuduh kelompak lain sebagai kelompak radikal,belum ada standar yang jelas dalam penilaian kapan suatu kelompok atau pribadi tertentu disebut sebagai orang atau kelompok yang berpaham radikal.
