3. Terbatas pada wilayah Jawa dan Madura;
4. dan mengangkat Raden Adipati Tirtokusumo (Bupati Karanganyar) sebagai ketua Budi Utomo.
Adapun tujuan organisasi Budi Utomo yang ditetapkan dalam kongres pertamanya di Yogyakarta;
1. Usaha mendirikan dalam arti seluas-luasnya;
2. Peningkatan pertanian, peternakan, dan perdagangan;
3. Kemajuan teknik dan kerajinan;
4. Menghidupkan kembali kesenian dan tradisi pribumi;
5. Menjunjung tinggi cita-cita kemanusiaan;
6. Hal-hal lain yang bisa membantu kesejahteraan bangsa.
Kongres kedua diadakan di Yogyakarta tepatnya di Gedung Mataram pada tanggal 10-11 Oktober 1909 yang dihadiri oleh 9 cabang. Dalam kongres yang kedua ini terjadi nuansa yang berbeda dimana pada kongres ini berlangsung tanpa banyak yang berarti oleh karena menurunnya semangat organisasi yang mencolok. Dalam kongres yang kedua ini sedikit hanya memberikan hierarki baru, lebih terorganisasi tetapi kurang bergairah.
Perkembangan Budi Utomo ternyata tidak memuaskan anggotanya dan hal ini terbutkti pada tahun 1910, Badan Pengurus memutuskan untuk menyelenggarakan kongres ketiga yang awalnya diadakan bulan Oktober karena alasan organisasi rapat lokal akan diselenggarakan pada tanggal 21 Agustus dan akan berlangsung semarak dengan hadirnya wakil-wakil dari perhimpunan calon pegawai pribumi, siswa STOVIA dan siswa sekolah hukum Batavia.Â