Untuk kepentingan inilah maka didirikanlah lembaga lembaga pendidikan terutama yang sebelumnya telah dinasranikan oleh portugis, seperti ambon dan tarnate.
Pada abad ke-17 dan 18, pendidikan kejuruan masih belum didirikan, baru pada abad ke -19 didirikan. Sementara untuk pendidikan islam untuk masyarakat pribumi tidak menjadi soal, karena masih banyak sistem sistem pendidikan pesantren , langgar dan madrasah yang masih berjalan terus.
Sementara untuk sekolah sekolah untuk pegawai dan masyarakat pribumi yang beragama kristen sudah diatur oleh VOC.
Kemudian pada ke- 18 VOC mulai banyak mengalami kemunduran dan tidak sanggup lagi mengendalikan laju pemerintahan bagi masyarakat jajahanya. Sehingga pemerintahanpun diserahkan kepada pemerintahan Hindia Belanda.
Pendidikan Islam Pada Zaman Jepang
Sikap jepang terhadap pendidikan islam ternyata jauh lebih baik ketimbang pada masa  pemerintahan belanda. Sehingga ruang gerak pendidikan islam lebih bebas melakukan kegiatannya.
Jepang tidak begitu mementingkan masalah agama tapi lebih fokus pada cara memenangkan peperangan. Malah jepang memberikan keleluasaan dalam mengembangkan pendidikan.
Jepang menilai bahwa agama adalah sarana penting untuk menanamkan pengaruhnya pada setiap masyarakat hingga ke renung hatinya. Meski demikian ada hal hal yang menguntungkan yang diperoleh bangsa indonesia khususnya di bidang pendidikan diantaranya:
Berkembangnya kreatifitas para guru dalam memenuhi kekurangan buku buku pelajaran dengan berkarya.
-Menerjemahkan buku buku berbahasa asing yang diperlukan tampa perlu memperhatikan hak cipta internasional.
- Adanya kegiatan ektra kulikuler disekolah seperti bela diri, dan latihan perang perangan yang membangkitkan keberanian para pemuda yang sangat berguna dalam perang kemerdekaan di kemudian hari.
