Sejak zaman Sunan Giri, Islam masuk ke Maluku melalui para Muballig dari Jawa dan Muballig dari Malaka.
Sedangkan Raja yang terkenal akan pendidikan Islam dan dakwaknya adalah Sultan Zainal Abidin.
Keterangan teng metode pendidikannya kurang jelas, yang jelas Islam saat itu menghadapi dua tantangan.
Pertama dari penganut Animisme yang kedua dari orang -- orang Portugis yang hendak menyebarkan kekeristenan di Maluku.
4. kerajaan Islam di Sulawesi
Kerajaan pertama yang menganut dan menerapkan ajaran islam adalah kerajaaan kembar goa tallo. Dalam dua tahun islam sudah tersebar melalui jasa murid sunan Giri yaitu, abdul kadir katib tunggal yang berasal dari minangkabau.
Sistem pendidikan di sulawesi juga mengkaji kitab di pondok pesantren. Hal ini karena penyebaranya melalui murid dari ulama yang yang sebelumnya juga menyebarkan islam melalui pengajian dan pendidikan di pondok pesantren.
Sejarah Pendididkan Islam Pada Zaman Penjajahan
1. Zaman kompeni Belanda (VOC)
Belanda mulai berkuasa setelah berakhirnya kekuasaan portugis di indonesia. Belanda mulai datang ke indonesia pertama kali dalam misi perdagangan yang tergabung dalam"vereenigde oest indische compagni" dan disingkat VOC.
Sementara kebijakan yang di terapkan belanda adalah melanjutkan berbagai kebijakan yang dilakukan oleh orang orang portugis sebelumnya.Tetapi yang paling utama adalah bersumber dari agama kristen protestan.