Alur cerita
Film ? memiliki fokus pada hubungan antar agama di Indonesia, sebuah negara tempat konflik agama menjadi hal yang umum, dan ada sejarah panjang kekerasan dan diskriminasi terhadap Tionghoa Indonesia. Alur cerita film menceritakan tentang 3 keluarga yang tinggal di sebuah area dekat Pasar Baru di Semarang, Jawa Tengah. Adalah keluarga Tionghoa-Indonesia yang beragama Buddha, Tan Kat Sun dan anaknya, Hendra; pasangan beragama Islam, Soleh dan Menuk; serta seorang konver Katolik, Rika dan anaknya yang seorang Muslim bernama Abi.
Sun dan istrinya menjalankan sebuah usaha restoran Tionghoa yang walaupun rumah makan itu menyajikan daging babi yang diharamkan dalam Islam, sebagai pemilik restoran, Sun tetap mempekerjakan pegawai muslim dan menghargai pengunjung yang berbeda agama dengannya. Untuk memastikan hubungan baik dengan karyawan muslim dan pelanggannya, Sun menggunakan peralatan khusus untuk mempersiapkan daging babi, karena ia tidak mengizinkannya untuk digunakan untuk hidangan lainnya. Selain itu, Sun memastikan pegawainya memiliki waktu untuk shalat. Ia juga memberi mereka liburan selama Idul Fitri, hari raya terbesar umat Islam. Salah satu karyawannya adalah Menuk, yang bersuamikan Soleh, seorang pengangguran bertemperamen tinggi. Menuk memiliki teman bernama Rika, seorang konver yang terlibat romansa dengan seorang aktor muslim yang kerap hanya menjadi figuran film, bernama Surya.
Pada usia 70-an, Sun jatuh sakit, dan usaha restoran pun terpaksa diambil alih oleh Hendra. Secara tidak bijak, Hendra memutuskan untuk mengubah kebiasaan restoran yang secara eksklusif hanya melayani masakan non halal dan tetap beroperasi di hari ke-2 Idul Fitri sehingga sejumlah pegawai muslimnya hanya mendapat libur satu hari. Konflik makin parah dengan masuknya Hendra ke dalam konflik antara Menuk dan Soleh, yang ternyata sebelumnya pernah menjadi kekasihnya. Menuk menjadi semakin tertekan setelah Soleh mengatakan kepadanya bahwa ia berencana untuk menceraikannya setelah merasa tidak dihargai sebagai laki-laki dan kepala keluarga.
Sementara itu, Rika juga merasa stres karena berpisah dari suaminya yang ingin memiliki istri lagi dan mempoligaminya serta kondisi dirinya yang dikucilkan oleh anak serta orang tua karena memilih untuk memeluk agama Katolik. Namun dibalik konflik ini adalah Surya teman berkasih Rika, yang berkonflik dengan dilema antara karir serta peran berakting yang didapatkannya. Berawal dari memerankan Yesus di gereja saat perayaan Natal dan Paskah, hingga menjadi Santa Klaus untuk menghibur anak teman Rika yang sakit. Walau terdesak masalah keuangan, Surya ragu hal tersebut bertentangan dengan agamanya dan akan menggoyahkan imannya. Kisah Rika berakhir manis dengan hadirnya orang tua Rika saat syukuran khatam Qur'an Abi yang menandakan telah direstuinya keputusan Rika perpindahan kepercayaan.
Setelah menganggur lama, akhirnya Soleh mendapat pekerjaan dengan bergabung bersama kelompok amal Islam, Nahdlatul Ulama (NU). Walaupun awalnya enggan menjaga keamanan gereja, di akhir hayatnya ia mengorbankan hidupnya saat menemukan sebuah bom yang ditaruh oleh seseorang dalam gereja Katolik di malam perayaan Natal. Dengan memeluk bom itu, Soleh bergegas lari dan membawa bom keluar dari gereja. Sayang, bom terlanjur meledak dalam dekapan Soleh sehingga ia meninggal dunia.
