Silence Shsaku End berkisah tentang seorang misionaris muda Portugis, Pastor Rodrigues, yang melakukan perjalanan ke Jepang awal abad ke-17 untuk melayani para pemeluk Kristen yang teraniaya dan menyelidiki mantan gurunya, Pastor Ferreira, yang telah murtad. Silence membahas kompleksitas etika dan teologis yang mendalam yang dirangkum dalam serangkaian gambaran dan kiasan, yang paling utama adalah keheningan.
"Alasan mengapa agama kita telah menembus wilayah ini seperti air yang mengalir ke tanah kering adalah karena kristianitas telah memberikan kepada sekelompok orang ini kehangatan manusia yang sebelumnya tidak pernah mereka kenal... orang-orang yang memperlakukan mereka seperti manusia."
Rodrigues harus memasuki pendidikan spiritual baru yang mendalam. Dia mendapat pengkhianatan dari Kichijiro yang hina. Rodrigues telah berkomitmen menyerupakan diri dengan Kristus. Namun, ia menemukan sesuatu yang lebih dari yang diharapkan, "Tuhan meminta saya untuk meniru yang kuat, padahal ia membuat saya lemah. Bukankah ini tidak masuk akal!"
Mengetahui bahwa Kichijiro "menjualnya" seharga 300 keping perak memaksa Rodrigues berdamai dengan apa yang telah membingungkannya sejak masa seminarinya. Kristus telah membiarkan Yudas "tersesat dari jalan kebenaran," bahkan mengizinkannya bunuh diri dan dengan demikian mengutuk dirinya sendiri. Bukankah Yudas "tidak lebih dari boneka yang malang untuk kemuliaan" Kristus? Apakah Kristus pernah berdoa untuk Yudas, atau apakah dia merasa jijik dengannya? "Mungkinkah Kristus mengasihi dan mencari orang yang paling kotor ini?" Â
Rodrigues menyadari, kemartiran bukanlah hal yang mulia atau heroik, seperti yang diajarkan di seminari, tetapi menyedihkan dan kumuh. Rodrigues tersiksa karena dipaksa melihat orang lain disiksa dan dibunuh karena tidak menginjak-injak fumie. Ironisnya, jika ia ingin "menyelamatkan" umatnya, dalam meniru Kristus, ia harus secara terbuka menolak Kristus.
Pastor tersebut awalnya menolak argumen hakim ketua dan penganiaya utama, Inoue, seorang Inkuisitor Agung yang sangat licik. Inoue gagal meyakinkan Rodrigues bahwa agama Kristen harus dilarang karena tidak cocok untuk "rawa Jepang ini". Jepang bagi Inoue adalah "ujung bumi... batas terluarnya".
Argumen-argumen ini juga dikemukakan oleh Ferreira. Sang murtad menegaskan, Jepang "adalah rawa yang lebih mengerikan daripada yang dapat dibayangkan," tempat akar pohon agama Kristen pasti membusuk. Orang Jepang "tidak pernah memiliki konsep tentang Tuhan; dan mereka tidak akan pernah memilikinya."
Meskipun Rodrigues memprotes, Ferreira meyakinkannya bahwa "Kristus pasti akan murtad untuk menolong manusia... Bahkan jika itu berarti menyerahkan semua yang dimilikinya. . . . Sekarang Anda akan melakukan tindakan kasih yang paling menyakitkan yang pernah dilakukan-Nya."
Pastor Rodrigues melihat dengan sedih ke ikon Fumie yang "usang dan berlubang". "Ia ingin menempelkan wajah yang telah diinjak-injak oleh begitu banyak kaki ke wajahnya sendiri." Ia ragu-ragu karena menginjak gambar itu berarti menginjak semua cita-citanya. Namun, ia mendengar suara Kristus memerintahkannya, "Injak! Injak! Aku lebih dari siapa pun tahu rasa sakit di kakimu. Injak! Aku dilahirkan ke dunia ini untuk diinjak-injak oleh manusia."
Rodrigues mengingat kelemahannya dan Kichijiro dan dirinya tidak begitu berbeda. Perbedaan yang signifikan adalah "bahwa Tuhanku berbeda dari Tuhan yang diberitakan di gereja-gereja." Citra Kristus yang digambarkannya telah berubah selamanya: bukan lagi wajah yang "dipenuhi keagungan dan kemuliaan," atau "wajah yang diperindah oleh kesabaran menahan rasa sakit," atau "wajah yang dipenuhi dengan kekuatan kemauan menolak godaan." Sebaliknya, wajah itu adalah wajah seorang pria yang "tenggelam dan sangat lelah."
