1. Identifikasi dan pemisahan pigmen atau pewarna alami dan sintetik
2. Identifikasi dan pemisahan kation anorganik
3. Identifikasi dan pemisahan Senyawa aktif pada ekstrak tanaman seperti senyawa alkaloid dan senyawa fenolik
4. Identifikasi dan pemisahan asam-asam amino
Kelebihan Kromatografi Kertas
1. Tidak diperlukan peralatan yang teliti dan mahal
2. Hasil yang baik dapat diperoleh dengan peralatan yang sangat sederhana
3. Senyawa-senyawa yang terpisah dapat dideteksi pada kertas dan dapat diidentifikasi
Kekurangan Kromatografi Kertas
1. Membutuhkan waktu yang lama
2. Keterbatasan parameter uji karena tidak semua campuran dari senyawa-senyawa dapat dipisahkan dengan menggunakan kromatografi kertas