Betapa mungkin dana raksasa ratusan milyar yang konon dikelola Al Zaytun hanya melalui akun pribadi Panji Gumilang. Ini perlu diklarifikasi oleh tersangka sendiri, agar tak ada syakwasangka bahwa ada yang mendzholiminya, karena faktor iri hati, kecemburuan dsb. Bagaimanapun Panji adalah alumnus Gontor yang patut dihormati.
Sementara Kementerian Agama melakukan investigasi di Pesantren Al-Zaytun dan menyatakan tidak menemukan bukti penyimpangan ajaran Islam. Sedangkan pihak Kepolisian menangkap dan menyidik Panji Gumilang terkait kasus TPPU.
Meskipun Panji Gumilang mengaku beragama Islam dan bermazhab Sunni, beberapa aspek ajaran dan praktiknya di Pesantren Al-Zaytun telah memicu kontroversi dan tuduhan penyimpangan dari Sunni Ortodoks:
Penyimpangan yang diungkap disini adalah Tata Cara Ibadah; Salat berjamaah dengan mencampur laki-laki dan perempuan; mengubah urutan rukun salat; melantunkan azan berbeda dari yang umum.
Panji menganggap Al-Quran buatan Nabi Muhammad SAW; ia mengubah kalimat syahadat; memiliki konsep "madzhab Soekarno"; Ia mengklaim sebagai nabi dan rasul; menganggap dirinya sebagai khalifah; melakukan ritual baiat yang dianggap menyimpang.
Semua tuduhan penyimpangan itu didasarkan pada perbedaan antara ajaran dan praktik Panji Gumilang dengan ajaran Islam Sunni Ortodoks yang dianut mayoritas umat Islam di Indonesia.
Tuduhan ini telah menimbulkan kekhawatiran di kalangan umat Islam dan berujung pada Fatwa MUI yang menyatakan bahwa ajaran dan praktik di Pesantren Al-Zaytun menyimpang dari ajaran Islam; termasuk penolakan dari sebagian masyarakat terhadap ajaran Panji Gumilang.
Panji Gumilang menyangkal semua tuduhan penyimpangan dan menyatakan bahwa ajarannya sesuai dengan Islam. Kasus ini masih dalam proses hukum dan belum ada putusan final.
Mantan anggota NII KW-9 sekaligus pengamat terorisme, Al Chaidar, menyebut, pemimpin ponpes Al-Zaytun Panji Gumilang adalah penganut aliran Isa Bugis.
Aliran Isa Bugis, juga dikenal sebagai ajaran Al-Zaytun. Ini adalah sebuah aliran pemikiran keagamaan yang dipraktikkan di Pondok Pesantren Al-Zaytun di Palimanan, Jawa Barat, yang didirikan oleh Panji Gumilang.
