Ketika melihat cuaca yang mulai mendung, disertai angin kencang dan gemuruh, kaum Ninawa semakin takut syahdan bertobat seraya mencari Nabi Yunus untuk menyatakan pengampunan kepada Allah.
Sayangnya Nabi Yunus sudah pergi dan sampai di tepi pantai, kemudian menumpang di sebuah kapal yang akan menyeberangi laut.
Ketika perjalanan mengarungi laut dimulai, petaka berupa badai pun terjadi. Kapal yang keberatan penumpang telah sepakat membuang salah seorang penumpang ke laut untuk mengurangi beban.
Dengan izin Allah, terpilihlah Nabi Yunus yang sudah tiga kali tersebut namanya dalam undian dan saat itu pula beliau menjatuhkan dirinya ke laut.
Kemudian, Allah mewahyukan kepada ikan Nun (ikan paus yang besar) untuk menelan Nabi Yunus.
Saat berada di dalam perut ikan Nun, Nabi Yunus hanya melihat kegelapan. Beliau tetap sehat namun seketika itu pula beliau sadar atas kesalahannya yang berputus asa serta meninggalkan kaumnya. Padahal Allah tidak meminta beliau untuk pergi.
Puncak dari kesadaran tersebut, alhasil Nabi Yunus bertobat kepada Allah seraya melantunkan doa sebagaimana yang tertuang dalam QS Al-Anbiya ayat 87:
Dan (ingatlah kisah) Dzun Nun (Yunus), ketika ia pergi dalam keadaan marah, lalu ia menyangka bahwa Kami tidak akan mempersempitnya (menyulitkannya), maka ia menyeru dalam keadaan yang sangat gelap:Â "Bahwa tidak ada Tuhan selain Engkau. Maha Suci Engkau, sesungguhnya aku adalah termasuk orang-orang yang zalim".
Allah Maha Mendengar, Allah Maha Pengasih, Allah Maha Penyayang, Allah Maha Pengabul Doa. Sontak saja langsung Allah perintahkan ikan Nun untuk menepi dari laut kemudian mengeluarkan Nabi Yunus di tepi pantai.
Saat itu Nabi Yunus keluar dari perut ikan dalam keadaan lemah, lalu Allah tumbuhkan pohon labu sebagai bahan makanan beliau. Sesaat setelahnya, Nabi Yunus diperintahkan untuk kembali kepada kaum Ninawa.
O ya, sejatinya kisah Nabi Yunus ini benar-benar menggugah.
Bahkan, secarik doa Dzun Nuun yang tertuang dalam QS Al-Anbiya ayat 87 juga tertuang dalam hadis riwayat Tirmidzi dan ditegaskan oleh Rasulullah bahwa Sesungguhnya tidaklah seorang muslim berdoa dengannya dalam suatu masalah, melainkan Allah kabulkan baginya.