Sejak Malaka jatuh kedalam kekuasaan Portugis pada tahun 1511. Timor (Kupang) disinggahi secara rutin oleh para pedagang Portugis antara tahun 1518 - 1550-an.
Tahun 1522 sisa armada Ferdinand Magellan singgah di Alor dan Timor (Kupang). Dalam penyebrangan ke selat Pukuafu, kedua kapal ini tertimpa badai, salah satu kapal karam dan hancur. Salah satu jangkar raksasa kapal ini hingga kini masih ada di pantai Rote. Kapal  lainnya berhasil lolos dari amukan ombak melanjutkan perjalanan ke Sabu, kemudian ke Tanjung Harapan dan kembali ke Spanyol.
Sekitar tahun 1556 seorang Ordinis Praedicatorum yang bernama Pater Taveirea telah membaptiskan lebih kurang 5.000 orang di Timor.
Karya Portugis yang paling menonjol di Kupang adalah  tahun 1640-an, Pater Antonio de Sau Jacinto menjalin kerjasama yang baik dengan raja Kupang (raja Helong). Dilanjutkan dengan Raja Helong dan Permaisuri dibaptis. Raja diberi nama baru Don Duarte, dan Permaisurinya Dona Maria.
Pada 29 Desember 1645 ada perjanjian antara  Pater Antonio de Sau Jacinto dan Raja Helong; isinya antara lain, Jacinto mendapat izin
- mendirikan gereja
- mendirikan benteng
- kapal-kapal bangsa lain tidak diperbolehkan memasuki pelabuhan Kupang.
VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie) yang didirikan pada tahun 1602, mulai berdagang ke Timor 11 tahun kemudian. VOC mengirim 3 kapal yang berlabuh ke Teluk Kupang dengan pimpinan Apolonius Scotte. Mereka disambut baik oleh Raja Helong, hingga ditawarkan sebidang tanah untuk keperluan VOC.
Tahun 1653, VOC menjadikan Kupang sebagai pangkalan perdagangan, serta menyingkirkan Portogis. Portugis yang sudah menduduki Pulau Solor diserang oleh VOC selama kurun waktu 38 tahun, 1625 - 1663. Benteng Portugis Ford Henricus berhasil direbut oleh VOC, namun tidak bertahan lama karena gempa bumi menghancurkan benteng tersebut. VOC merebut benteng Portugis di Kupang, Benteng Ford Concordia.
VOC menempatkan Pejabat tinggi yang disebut Opperhoofd, berkedudukan di Kupang. Tugas utamanya adalah melaksanakan misi VOC dibidang perdagangan dan politik, serta kerja sama dengan Raja-raja atau pemerintah setempat.
Namun, kerja sama dengan VOC tersebur, umumnya tak menguntungkan Raja-raja setempat. Terbukti pada tahun 1653 - 1756 VOC Belanda banyak melakukan pemerasan dan perbudakan dari setiap kerajaan. Â Belanda lebih banyak melakukan pemaksaan pengambilan rakyat yang dijadikan budak darikerajaan-kerajaan sekitar Kupang (Kerajaan Kupang atau Helong, Ambai, Sonabai-Kecil, dan Amarasi).
Pada waktu VOC dibubarkan pada tahun 1799 , segala hak dan kewajibannya di Indonesia diambil alih oleh Pemerintah Belanda.
Peralihan ini tidak membawa perbaikan apa-apa, karena pada waktu itu Belanda menghapi perang yang dilancarkan oleh negara-negara tetangganya.
Pada waktu itu Belanda dikuasai oleh pemerintah boneka dari kekaisaran Napoleon, Â Perancis. Keadaan ini dimanfaatkan oleh Inggris untuk memperluas daerah jajahannya dan merebut jajahan Belanda. Â
