Sunan Giri di masa kecil juga dikenal dengan nama Raden Paku, Muhammad Ainul Yaqin, Joko Samudro, dan Sultan Abdul Faqih. Nama depan Sultan Abdul Faqih disematkan karena memang juga pernah menguasai wilayah Gresik dengan ibukota di Kedhaton Giri. Graha Menganti sebagai salah satu bangsal istana, menjadi nama desa di selatan Gresik yakni Desa Menganti yang saat ini, terupdate Juni 2021, berisi kompleks perumahan rakyat yang semakin padat.
Dalam kenyataannya memang ada sejarah tersendiri untuk setiap nama yang dimilikinya. Salah satunya yang legendaris dan selalu dikenang rakyat Gresik dan keluarga ziarah wali songo, asal-usul Joko Samudro.
Dikisahkan pada saat masih bayi Sunan Giri pernah mengalami masa pembuangan oleh kakeknya, Prabu Menak Sembuyu.
Seperti dikutip dari Buku Sejarah Kebudayaan Islam, Prabu Menak Sembuyu merasa iri atas keberhasilan menantunya (Syekh Maulana Ishaq) dalam menyebar agama Islam di Blambangan. Iri atau saling kompetisi, bisa jadi tafsir atas situasi yang terjadi kala itu. Namun ada alasan lain diwartakan konflik keluarga ini, di mana Syekh Maulana Ishaq akhirnya memutuskan untuk kembali ke tempat asalnya, Aceh karena keberadaannya terancam.
Syech Maulana Ishaq ini adalah bapaknya Sunan Giri, dan saudara kandung Syeh Maulana Malik Ibrahim.
Pada saat itu Sunan Giri masih berada dalam kandungan. Setelah lahir, Prabu Menak Sembuyu melampiaskan keiriannya kepada cucunya sendiri. Ia memasukkan Sunan Giri ke peti lalu membuangnya ke laut. Benarkah kisah ini, yang mirip dengan pembuangan bayi Nabi Musa ketika kecil, ya demikian kisah rakyat yang beredar. Lebih kurang validitasnya silakan dicek ricek sendiri jika memang pembaca tertarik menelusuri lebih jauh.
Nah, dikisahkan bahwa saat berada di laut, Sunan Giri dalam bentuk bayi mungil, ditemukan oleh seorang saudagar kaya yang tengah berlayar, Nyai Ageng Pinatih namanya.
Kemudian ia dijadikan anak angkat. Karena bayinya ditemukan di laut akhirnya ia diberi nama Joko Samudro oleh Nyai Ageng Pinatih.
Mengapa namanya Nyai Ageng Pinatih, bukankah nama deputi Raja Jawa adalah Patih?
Apakah Nyai Ageng Pinatih masih terbilang keluarga Kraton Giri Gresik, tidak diwartakan di kisah rakyat ini.