Puncaknya adalah pada tahun 1963, konflik yang terjadi antara PKI dengan tentara sudah mulai menjadi perbincangan publik. Hal ini terpantik saat PKI menuntut pembentukan Kabinet Nasakom kepada Presiden Soekarno. Banyak demonstrasi yang dilakukan oleh PKI bersama underbownya, baik menuntut kebijakan ekonomi ataupun politik.
Apalagi pada tahun ini (1963) kebijakan konfrontasi dengan Malaysia sudah mulai mengemuka. Bahkan persiapan-persiapan untuk mendukung kampanye anti-Malaysia telah intensif dilakukan oleh PKI melalui pelatihan terhadap para milisi simpatisannya. Dengan alasan membantu tentara untuk menghadapi perang gerilya di Sumatera dan Kalimantan.
Sedangkan, kelompok budayawan yang anti-komunis, pada bulan September 1963 mulai gencar melakukan aksi perlawanan terhadap Lekra. Kelompok ini dikenal dengan Manifestasi Kebudayaan, diantara tokohnya ada H.B. Jassin dan Gunawan Mohamad. Sedangkan Lekra adalah lembaga budaya yang berada di bawah naungan PKI, diantaranya adalah Pramoedya Ananta Toer dan Rivai Apin.
Pada tahun ini, seperti kita ketahui, Presiden Soekarno telah diangkat sebagai Pejabat Presiden Seumur Hidup melalui Ketetapan MPRS No. III/MPRS/1963. Rosihan Anwar menilai, bahwa ketakutan kelompok nasionalis atas kebangkitan komunis, justru membuat Negara masuk dalam konsep otoritarianisme.
Memasuki tahun 1964, suasana politik dapat dibilang sangat panas. Puncak kepanasannya adalah ketika ada usulan Angkatan Kelima telah menjadi tajuk utama pada masyarakat. Dalihnya adalah kebijakan konfrontasi dengan Malaysia, dimana Negara membutuhkan relawan untuk bertempur. PKI pun mulai melakukan propagandanya secara terbuka mengenai usulan ini.
Justru kabar tidak sedap terdengar oleh Rosihan Anwar, pada bulan Maret 1964 dikisahkan bahwa "Aidit bisa atur tentara di Jawa Tengah". Hal ini sontak membuatnya berpikir skeptis terhadap akan adanya suatu aksi yang melibatkan tentara yang telah disusupi PKI di kemudian hari.
Di kalangan mahasiswa, organisasi CGMI (Consentrasi Gerakan Mahasiswa Indonesia) yang pro PKI sudah sampai pada tahap reaksioner dengan organisasi mahasiswa lainnya. CGMI secara terbuka menyerang HMI (Himpunan Mahasiswa Islam) yang menjadi kekuatan utama mahasiswa anti komunis. Bahkan diberitakan, aksi saling serang antar mahasiswa kerap terjadi di berbagai daerah.
Mahasiswa anti komunis pun mempersiapkan alternatif organisasi jikalau HMI dibubarkan. Maka, Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM) pun didirikan sebagai wadahnya pada tanggal 14 Maret 1964. Area geraknya pun jauh lebih luas, bukan sekedar organisasi dakwah. Melainkan dalam bidang sosial dan budaya. Kiranya dapat menjadi counter bagi gerakan komunis ditengah rakyat.
Puncaknya tentu saja di tahun 1965. D.N. Aidit meminta Presiden untuk mengesahkan Angkatan Kelima demi Dwikora. Konfrontasi dengan Malaysia yang menjadi dalih, akhirnya ditentang keras oleh TNI. Tentara tidak menghendaki adanya kekuatan baru yang dapat menjadi ancaman di kemudian hari.Â
Aksi protes reaksioner yang dilakukan oleh PKI beserta underbownya dikatakan telah membuat suasana di tahun ini kacau. Huru-hara terjadi dimana-mana. Aksi kekerasan yang diwarnai pertumpahan darah juga tak terelakkan, seperti yang terjadi di Jawa Tengah dan Jawa Timur. Semua memiliki latar belakang konflik ideologi, khususnya antara kelompok agama dengan komunis.
Hingga malam 1 Oktober 1965 tiba, suasana hening kediaman Rosihan Anwar yang terletak tak jauh dari kediaman Jenderal A.H. Nasution tiba-tiba pecah. Riuh rentetan tembakan membuat dirinya beranjak dan mengintip melalui jendela rumah. "Maling barangkali", ujarnya menenangkan. Tetapi ada yang aneh, banyak truk terlihat terlihat berseliweran pagi itu.
