Berbagai pemberontakan yang terjadi pada dekade tahun limapuluhan menjadi sejarah kelam  bagi bangsa In-donesia khususnya bagi Angkatan Darat.
Selanjutnya, untuk melakukan pembenahan di internal Angkatan Darat, dilakukan kampanye Retooling, Brigadir Jenderal Soeharto ditunjuk sebagai Ketua Adhoc Retooling Departemen Angkatan Darat. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
Selain dua jabatan di atas, pada Maret 1961, Brigadir Jenderal Soeharto ditunjuk lagi menjadi Panglima Korps Tentara I Cadangan Angkatan Darat (Caduad). Enam bulan kemudian, Oktober 1961, kembali ditunjuk  sebagai Panglima Komando Pertahanan Udara Angkatan Darat (Kohanudad), dan sebagai Deputi Indonesia Timur.                                                        Â
Jika sebelumnya KSAD Nasution memarjinalkan atau menghambat karir militer Soeharto, setelah sama-sama menumpas berbagai pemberontakan di pengujung dekade tahun 1950 an, sikap Nasution kepada Soeharto berbalik seratus delapan puluh derajat. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
KSAD Nasution begitu percaya pada Soeharto. Berbagai jabatan strategis dipercayakan kepadanya, hingga dapat dikatakan, Â Soeharto mengalami surplus jabatan. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
Tidak kurang dari lima jabatan ditumpukkan di pundak Brigadir Jenderal Soeharto pada tahun 1961 yaitu; Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
- Deputi I KSAD. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
- Ketua Adhoc Retoolling Angkatan Darat. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
- Pang-lima Caduad. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
- Panglima Kohanudad. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
- Deputi KSAD Indonesia Timur. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
  Bulan madu yang tertunda antara Nasution dan Soeharto terus bergulir.
Pada Desember 1961, Â Brigadir Jenderal Soeharto mendampingi KSAD Jenderal AH Nasution dalam kunjungan dinas ke Eropa mengunjungi Yugoslavia, Prancis, dan Jerman Barat. Ini adalah lawatan ke luar negeri yang pertama. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
Di Jerman Soeharto berjumpa dengan Baharudin Jusuf (BJ) Habibie yang sedang menyelesaikan program doktor di Technische Hochschule Aachen, Jerman.
BJ Habibie, bocah cilik bermata besar ini sudah dikenal  Soeharto sejak 1950,  pada  waktu ia menjabat sebagai Komandan Brigade Garuda Mataram,  pada saat menumpas pemberontakan Andi Aziz di Makassar.
Markas Brigade Garuda Mataram di Makassar, berseberangan dengan rumah Alwi Abdul Jalil Habibie, orang tua BJ Habibie. Pada satu malam, dua orang anak Habibie datang ke markas brigade dengan tangis mengharukan. Mereka memberi tahu ayahnya sakit keras. Soeharto bersama dokter brigade bergegas ke rumah BJ Habibie.