Panglima Tentara Teritorium IV Diponegoro Kolonel Soeharto

Dua hari kemudian, 17 Februari 1958, menyusul deklarasi Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta) di Sulawesi.

Pada titik ini Nasution menyadari bahwa  seluruh TT di luar Jawa berontak, hanya TT di Jawa yang setia pada NKRI. Pasukan dari batalyon-batalyon dari TT di Jawa yang kemudian memadamkan pemberontakan itu.                    

Kembali Nasution menyaksikan kepiawaian Panglima TT IV Diponegoro Kolonel Soeharto mengerahkan pasukannya menumpas PRRI di Sumatra Barat dan daerah Indonesia lainnya.                              

Mayor Yoga Sugomo, Kapten Ali Murtopo, dari batalyon elite Banteng Raiders TT IV Diponegoro terjun langsung menumpas  pemberontakan.                                

Betapa genting situasi pada waktu itu, potensi Republik Indonesia pecah sangat besar.  Seluruh Tentara Teritorium di luar Jawa   menyatakan tidak patuh pada Jakarta, dengan kata lain ini adalah pemberontakan.

Duet Nasution-Soeharto (NATO), bersama Panglima Siliwangi Kolonel Sadikin dan Panglima Brawijaya Kolonel Sarbini, berhasil menumpas pemberontakan yang terjadi dilebih dari dua pertiga wilayah Republik Indonesia.                                                      

Fase 20 tahun awal kemerdekaan  menjadi pelajaran berharga bagi Pak Harto bahwa negara yang tidak stabil, tidak aman, bahkan terjadi berbagai pemberontakan---itu semua hanya menyengsarakan rakyat---menyusahkan rakyat.                                                       

Akibat dari pemberontakan itu maka situasi menjadi tidak stabil, terjadi kekacauan  di berbagai daerah, yang pada akhirnya  membuat pemerintah tidak bisa menjalankan roda pemerintahan---pemerintah hanya mengatasi kekacauan-kakacauan  dan bahkan berperang untuk memadamkan pemberontakan. Tidak ada pembangunan karena keamanan tidak kondunsif.                                                            

Maka stabilitas adalah kebutuhan prima dan utama untuk membangun suatu  bangsa. Tampa pembangunan tidak mungkin mengsejaterahkan rakyat sesuai cita-cita para pendiri bangsa.

Pada waktu menjadi Presiden, Pak Harto membuktikan keberhasilannya dalam menjaga stabilitas politik dan keamanan selama 30 tahun hingga bangsa ini dapat membangun dan tumbuh  berkembang, bukan saling perang dan baku tikam.

Pada akhirnya pemberontakan dapat ditumpas dan Nasution menjadi tahu persis tentang perwira-perwira yang setia pada NKRI dan yang tidak setia bahkan makar.