Panglima AD ini tak terlalu terkejut dengan laporan Sarwo, karena secara pribadi Benny yang menjadi salah seorang perwira tulang punggung operasi di Irian Barat, pernah menyampaikan keluhannya mengenai Kolonel Mung ini. Penyampaian Sarwo menjadi konfirmasi tambahan baginya. Bulan Januari 1965, Yani melakukan serangkaian perubahan dengan caranya sendiri. Kolonel Mung mendapat tugas baru sebagai Panglima Daerah Militer di Kalimantan Timur, salah satu garis depan ke wilayah Malaysia dalam rangka Dwikora. Benny Murdani, sempat diskors oleh Sarwo Edhie. Dalam masa skors ini Benny bertemu Letnan Kolonel Ali Moertopo yang bertugas di Komando Strategis Angkatan Darat di bawah Panglima Kostrad Mayor Jenderal Soeharto. Ali menanyakan kepada Benny, "tugas di mana sekarang ?". Benny lalu menceritakan nasibnya yang sedang di ujung tanduk. Dan akhirnya dengan bantuan Ali Moertopo, Benny berhasil dialihkan ke Kostrad, dan bertugas di bawah komando Panglima Kostrad. Benny Murdani sebelumnya pernah bertugas di bawah Soeharto dalam rangka operasi Mandala, karena Soeharto adalah Panglima Mandala untuk pembebasan Irian Barat.
Kekosongan di RPKAD setelah Mung dialihkan, diisi oleh Letnan Jenderal Ahmad Yani dengan mengangkat Letnan Kolonel Sarwo Edhie sebagai komandan baru -- lebih tepatnya sebagai pelaksana harian -- dengan kenaikan pangkat menjadi Kolonel. Sebenarnya pengangkatan Sarwo Edhie ini tidak terlalu menggembirakan bagi sejumlah perwira AD terutama di lingkungan RPKAD sendiri. Ada penilaian bahwa Yani sedikit nepotik dalam pengangkatan Sarwo yang amat dekat secara pribadi. Menurut kriteria tak tertulis yang berlaku selama ini, seorang Komandan RPKAD haruslah dari kalangan perwira yang telah menjalani latihan-latihan komando, baik di pusat latihan Batujajar dekat Bandung maupun pelatihan setara di luar negeri.
   Pendidikan luar negeri yang pernah dijalani Sarwo tidak berkategori pelatihan sekolah komando, ia adalah siswa pada pendidikan staf (staff college) militer di Australia. Untuk mendampingi Sarwo, sebagai wakil diangkat Letnan Kolonel Prijo Pranoto yang pernah mengenyam pendidikan ranger di Fort Benning (1960) AS. Sebelumnya Prijo Pranoto adalah komandan pusat pelatihan RPKAD di Batujajar.Â
Maka banyak yang berharap bahwa Sarwo Edhie hanya akan menjadi komandan masa transisi untuk beberapa lama, sebelum Yani mengangkat perwira lain yang lebih sesuai kualifikasinya.
   Dalam perjalanan bangsa Indonesia, selalu tak lepas dari konflik politik, dari era Pra Kemerdekaan hingga pasca kemerdekaan. Sebagaimana Soekarno berkonflik dengan Tan Malaka, bahkan dituduh berpaham kiri alias komunis. Tan Malaka adalah korban dari sebuah konflik dan intrik politik di tanah air era pra kemerdekaan. Sehingga makamnya pun ditempat yang tak layak, untuk seorang yang berjuang demi lahirnya bangsa Indonesia kelak, hal ini bisa dibaca dengan pemikiran Tan Malaka yang tertuang dalam buku berbahasa Belanda, Naar de Republik Indonesia.Â
Kepemimpinan Ahmad Yani dianggap dapat melanjutkan peran AD dalam membendung pengaruh PKI yang semakin besar memasuki dekade 1960-an. Dengan pembawaan diri yang luwes, Yani diyakini dapat mengambil hati Sukarno dan berangsur-angsur mempengaruhinya untuk mengerem laju komunis yang kian cepat. Sukarno sendiri mengenal Yani dengan baik. Selain berprestasi, Yani bekerjasama dengan Sukarno selama di KOTI (Komando Operasi Tertinggi).
Menurut Crouch meskipun Yani menentang keras kebijakan Sukarno terhadap PKI, tetapi gayanya berbeda dengan Nasution. Sebagai seorang Jawa, dia cenderung memperlakukan Sukarno sebagai "bapak" yang bisa saja bertindak salah tetapi tidak boleh ditentang secara terbuka. Sehingga, dia lebih mudah menjadi bagian dari lingkungan Sukarno.
Sukarno menerima usul Nasution. Yani resmi menjabat KSAD pada 23 Juni 1962. Sesuai harapan Nasution dan banyak perwira, Yani tetap dapat menjaga independensi politik AD sekaligus mengambil hati presiden. Bahkan, Yani menjadi kesayangan Sukarno. Namun, kedekatan Yani dan Sukarno membuat hubungannya dengan Nasution menjauh. Mereka semakin banyak pertentangan kecuali melawan PKI. Penggantian beberapa panglima kodam mengecewakan Kubu Nasution. Selain itu, Nasution dan para perwira menengah yang hidup sederhana prihatin dengan gaya hidup glamor Yani dan beberapa jenderal di sekelilingnya.
Yani lebih cenderung masuk ke dalam Istana ketimbang AD. Menurut Wakil Perdana Menteri I Soebandrio dalam Kesaksianku Tentang G-30-S, hal itu memang yang diinginkan Sukarno dari pengangkatan Yani. "Tugasnya, secara formal, jelas memimpin pasukan TNI AD, namun di balik itu Yani mendapat misi khusus dari presiden agar membatasi desakan kubu Nasution terhadap pemerintah," kata Soebandrio.
   Namun, konflik Yani dan Nasution baru terjadi ketika Dwikora yang oleh Nasution dinilai sebagai momen penting untuk menunjukkan peran politik dan kesetiaan AD terhadap negara. Meski sudah tak punya wewenang komando, Nasution nekat mengorganisasi kegiatan anti-Malaysia di Kalimantan untuk menarik simpati rakyat kepada AD sekaligus mengungguli PKI dan BPI (Badan Pusat Intelijen) di bawah Soebandrio. Nasution bahkan memerintahkan Panglima Kalimantan Kolonel Hassan Basri mengirim pasukan ke Kalimantan Utara untuk operasi-operasi intelijen. Perbuatan Nasution jelas menyalahi aturan.
"Yani sangat marah dengan tindakan Nasution yang melangkahi jalur komando itu, dan dia mulai menyabot kebijaksanaan Indonesia terhadap Malaysia," tulis Ulf Sundhaussen dalam Politik Militer Indonesia 1945-1967: Menuju Dwi Fungsi ABRI. Namun, sepulang dari Filipina, hubungan Yani dengan Nasution kembali pulih.
