Mengetahui latar belakang Abang Kifli yang sempat dinobatkan dengan pangkat 'Letnan Jenderal' selaku Menteri Pertahanan, Soebandrio 'memerintahkan' BPI agar membawa Kifli ke perbatasan untuk ikut suatu operasi penyusupan --Operasi A-- ke wilayah Kalimantan Utara. Namun dengan alasan ada tugas penting di Jakarta ia kembali ke ibukota negara. Ia dianggap melakukan desersi dan segera dicopot dari Kabinet Kalimantan Utara, lalu ditahan beberapa bulan sampai dilepaskan kembali. Tampaknya, Jenderal AH Nasution berperan membantunya keluar dari penahanan.
Tak lama setelah lepas dari penahanan, ia dengan segera ke Kedutaan Besar Pilipina di Jalan Diponegoro-Imam Bonjol untuk meminta suaka. Dr Subandrio memerintahkan BPI menjerat kembali Kifli yang sebenarnya aman dalam pagar kekebalan diplomatik Kedutaan Besar Pilipina. Beberapa intel polisi 'dikerahkan' Kepala BPI Sutarto yang adalah seorang perwira kepolisian, melakukan operasi illegal memasuki kedutaan yang terdiri dari dua gedung dalam satu kompleks, satu digunakan sebagai kantor dan yang lainnya menjadi kediaman anggota kedutaan. Sepanjang hari, karena dua fungsi itu, praktis kedutaan terawasi selama 24 jam.
Tetapi agaknya ada peluang pada setiap Minggu petang, yakni ketika para wanita pembantu rumah tangga dan beberapa pegawai diperbolehkan keluar kompleks untuk berbelanja makanan maupun sekedar ngobrol di tikungan dekat kedutaan. Pada peluang waktu yang sempit itu, dengan menggunakan kait para intel polisi suruhan BPI itu memanjat disamping gedung ke lantai dua, lalu dari sana turun ke lantai satu dan menemukan Abang Kifli sedang berbaring-baring di salah satu kamar. Selain membawa serta Kifli, mereka pun menyambar sebuah radio dan beberapa barang kecil lainnya untuk menimbulkan kesan pencurian. Kelak dalam laporan pihak kedutaan di kepolisian memang disebutkan motif pencurian. Karena operasi 'penculikan' Kifli ini memanfaatkan peluang yang tercipta oleh para wanita pembantu rumah tangga yang meninggalkan 'pos' mereka, maka operasi ini diberi nama 'Operasi Babu-babu'. Abang Kifli lalu disekap sampai berakhirnya konfrontasi pada masa kekuasaan baru di Indonesia.
   Operasi A adalah operasi penyusupan ke wilayah semenanjung maupun Kalimantan Utara. Operasi ini meniru yang pernah dilakukan pada masa Trikora pembebasan Irian Barat. Dalam mempersiapkan operasi ini, dengan bantuan PKI, sejumlah anggota organisasi kiri di Malaya dan Singapura, diberi isyarat untuk masuk ke Indonesia. Mereka datang dengan penerbangan-penerbangan komersial ke Jakarta dan disambut oleh beberapa perwira polisi dan anggota BPI untuk dibawa keluar Bandar Udara Kemayoran tanpa melalui pintu imigrasi.
Mereka ditampung di sebuah tempat di Jakarta Timur bersama ratusan sukarelawan yang berasal dari berbagai tempat di Indonesia. Selanjutnya mereka diangkut ke tempat pelatihan paramiliter, di Sekolah Kepolisian Sukabumi. Dilatih oleh instruktur-instruktur polisi dibawah selubung program pelatihan sukarelawan, yang sudah lazim dilakukan sejak masa Trikora. Pelatihan yang berlangsung sampai Juli 1963 itu, meliputi latihan yang ekstra khusus seperti pendidikan intelejen dan kontra intelejen, perang urat syaraf dan sabotase.
   Pada bulan Juli itu juga, tampaknya apa yang dilakukan BPI itu sejak pelatihan untuk PGRS sampai upaya persiapan Operasi A ini, telah tercium oleh Inggeris dan Malaya. Tanggal 9 Juli Tunku Abdul Rahman menandatangani persetujuan pembentukan Federasi Malaysia. Dan adalah pula karena perkembangan baru tersebut pada bulan Juli itu persiapan Operasi A makin dimatangkan. Ke dalam operasi ini dimasukkan unsur-unsur KKO (Marinir) yang pimpinannya dikenal sebagai Soekarnois sejati.
Begitu pula unsur-unsur Angkatan Kepolisian dan Angkatan Udara, yang beberapa pimpinannya juga amat Soekarnois dan mempunyai aspirasi 'politik' yang condong ke kiri, diikutkan dalam persiapan operasi. Jumlah yang dikerahkan dari tiga kelompok militer ini mencapai ratusan orang. Tetapi sepanjang tahun 1963 hingga pertengahan 1964, operasi ini belum juga dilaksanakan. Barulah kurang lebih 3 bulan setelah Soekarno mencanangkan Dwikora, rombongan pertama coba disusupkan dari laut ke daratan Malaysia (Agustus 1964) namun mereka dipergoki oleh patroli udara Inggeris dan dibombardir sampai tenggelam. 20 orang tewas. Setelah kegagalan ini, BPI meninggalkan program ini.
Tugas-tugas kemiliteran selanjutnya secara resmi dilaksanakan Komando Siaga (KOGA) yang dibentuk dalam rangka Dwikora, dipimpin oleh Menteri Panglima AU Laksamana Madya Omar Dhani. Wakil Panglima I adalah Menteri Panglima AL Laksamana Muda Muljadi dan wakil Panglima II Brigadir Jenderal AD Achmad Wiranatakusumah. Sebagai Kepala Staf, diangkat Komodor Leo Wattimena, seorang penerbang Mig yang handal dan tersohor ke publik sebagai penerbang jagoan karena nekad bermanuver di udara. Komando Siaga ini dalam tempo tiga bulan ditingkatkan menjadi Komando Mandala Siaga (Kolaga) dan dirombak susunannya karena suatu alasan internal.
Panglima Kostrad Mayor Jenderal Soeharto dimasukkan ke dalam Kolaga sebagai Wakil Panglima I, sedangkan Laksamana Muda Laut Muljadi pindah menjadi Wakil Panglima II. Panglima Kolaga, tetap Laksamana Madya Udara Omar Dhani, dan Kepala Staf pun tetap dijabat Leo Wattimena yang telah naik pangkat menjadi Perwira Tinggi, Laksamana Muda Udara. Ditambahkan pula jabatan Wakil Kepala Staf, yakni Brigadir Jenderal AD A. Satari. Cukup menarik bahwa Menteri Panglima AD tidak duduk dalam Kolaga sebagaimana halnya Panglima dari dua angkatan yang lain.
   Kisah Sarwo Edhie Wibowo. Masalah yang dihadapi oleh Angkatan Darat, tidak semata-mata penyusupan dari kekuatan politik, khususnya dari PKI, serta dilema terkait masalah Dwikora. Belakangan muncul pula tudingan adanya hubungan CIA dengan AD terkait 'Dokumen Gilchrist' --melalui istilah 'our local army friends'-- serta tudingan adanya 'Dewan Djenderal' yang berniat mengambilalih kekuasaan dari tangan Soekarno. Masalah lainnya, persoalan Angkatan Kelima. Banyak persoalan dan dilema juga timbul dalam rangka persaingan pribadi yang terkait dengan masalah karir, perbedaan kepentingan, perbedaan pendapat maupun sikap-sikap kritis terhadap sikap dan perilaku kepemimpinan satu sama lain. Masalah CTN yang kemudian menjadi alasan ketidakpuasan Kolonel Kahar Muzakkar sehingga kemudian membelot dan berontak misalnya, merupakan salah satu contoh. Contoh lain, adalah berikut ini.
Pada akhir tahun 1964, terjadi sedikit masalah di tubuh pasukan elite AD, RPKAD (Resimen Para Komando Angkatan Darat). Seorang Mayor bernama Benny Moerdani mengeritik secara terbuka atasannya, Komandan RPKAD Kolonel Mung Parhadimuljo, dalam suatu pertemuan, terkait soal ketidakefisienan penggunaan dana dan sumberdaya, Kolonel Mung, meskipun cukup kesal terhadap serangan terbuka Benny -- yang oleh beberapa perwira lain dianggap pembangkangan kepada atasan -- tidak sampai mengambil tindakan apa pun terhadap Benny. Maka, tampaknya persoalan tersebut takkan berkembang dan merembet lebih jauh. Itulah sebabnya, setelah pertemuan itu, Benny sempat melanjutkan rencana pribadinya keluar Jakarta untuk melaksanakan bulan madu dengan isteri yang baru dinikahinya. Akan tetapi, Letnan Kolonel Sarwo Edhie Wibowo, wakil komandan pasukan elite Angkatan Darat tersebut, merasa perlu untuk menyampaikan persoalan tersebut kepada Menteri/Panglima AD Letnan Jenderal Ahmad Yani.
