Nama Infantino muncul dalam dokumen Panama Papers tahun 2016, yang mengungkapkan bahwa UEFA, tempat ia sebelumnya bekerja, telah melakukan transaksi dengan tokoh-tokoh yang kemudian didakwa dalam skandal korupsi FIFA. Infantino menyangkal terlibat secara pribadi dalam kesepakatan tersebut dan mengaku "terkejut" dengan laporan tersebut.
Infantino juga menuai kritik dalam penanganannya terhadap hak siar Piala Dunia Wanita 2023. Dia mengklaim bahwa tawaran yang rendah dari negara-negara besar merupakan penghinaan bagi wanita di seluruh dunia dan menganggap FIFA memiliki kewajiban moral dan hukum untuk menuntut lebih banyak uang.
Kritikus berpendapat bahwa FIFA justru menciptakan masalah ini sendiri dan seharusnya menginvestasikan uang dari tawaran gabungan sebelumnya ke dalam sepak bola wanita.
Di samping itu, komentar Infantino sering kali memicu kemarahan publik. Misalnya, dalam pidato menjelang final Piala Dunia Wanita 2023, Infantino mengatakan bahwa wanita harus "memilih pertempuran mereka" dan bahwa dia tidak bisa "memberikan tekanan" lebih banyak pada badan sepak bola nasional untuk meningkatkan investasi di sepak bola wanita. Komentar ini dipandang meremehkan dan menimbulkan reaksi keras dari berbagai kalangan.
