Berdasarkan akumulasi nilai aset dan dana yang berhasil dihimpun atas nama organisasi, NU secara organisasi memang tidak sekaya Muhammadiyyah, bahkan boleh dibilang NU sebenarnya tidak memiliki apa-apa. Ini terjadi akibat perbedaan sistem organisasi, yang mana Muhammadiyyah mengelola aset dan dananya secara kolektif, sementara lembaga pendidikan dan sosial NU dikelola secara otonom dan tersebar di tangan kaum nahdliyyin. Padahal bila aset dan dana yang dikelola lebaga pendidikan dan sosial yang berafiliasi pada NU disatukan, total nilainya pasti juga fantastis sebagaimana Muhammadiyyah. Hanya saja, latar sejarah , karakteristik organisasi dan jamaahnya yang otonom tidak memungkinkan aset-aset tersebut dikelola seperti di Muhammadiyyah.
Latar berdirinya NU sebagai asosiasi tradisi menjadikannya relatif kurang solid untuk menjalankan managemen efektif layaknya managemen perusahaan modern seperti diterapkan Muhammadiyah. Perbedaan ini membuat Muhammadiyyah berhasil membangun layanan pendidikan dan sosial yang relatif seragam dan terus berkembang secara dinamis, sementara NU dengan sistem dan pola kerja organisasinya yang bergantung kreativitas masing-masing anggota cenderung menghasilkan layanan pendidikan dan sosial yang beragam dan penuh warna.
