Soekarno kemudian menciptakan akronimnya sendiri untuk istilah Irian yang dicetuskan olehku, yakni "Ikut Republik Indonesia Anti Nederland".
Dalam konferensi itu, aku termasuk penentang berdirinya Negara Indonesia Timur. Ia lebih memilih Papua bersatu dengan Sulawesi Utara bagian dari Indonesia.
Pada penghujung tahun 1949, aku kembali ditunjuk menjadi delegasi dalam Konferensi berskala internasional. Kali ini aku dipilih menjadi ketua delegasi Nederland Nieuw Guinea untuk menghadiri Konferensi Meja Bundar (KMB) di Belanda. KMB berujung pada pengakuan kedaulatan dari pemerintah Belanda terhadap Republik Indonesia. Meskipun begitu, Belanda masih tetap ingin mempertahankan Papua sebagai bagian dari wilayahnya.
Konflik yang terjadi akibat pembebasan Papua terus berlangsung hingga Soekarno mengambil langkah tegas dengan melahirkan Tri Komando Rakyat atau Trikora. Trikora bertujuan untuk membebaskan Papua melalui berbagai langkah.
Pada upaya itu, aku memegang peranan penting untuk mendukung realisasinya Trikora. Hingga pada 15 Agustus 1963, melalui Perjanjian New York, Papua resmi dianggap masuk dalam wilayah kedaulatan Indonesia.
Aku menikah dengan Anthomina Arwam dan memiliki 3 orang anak. Aku bersama dengan Arwam sampai maut yang memisahkan kita, Arwam meninggal dunia. Setelah itu, pada tanggal 12 November 1973, akhirnya aku memutuskan untuk menikah lagi dengan Maria Magdalena Moorwahyuni dari Demak, Jawa Tengah. Kami memiliki 1 orang anak dari pernikahan ini.
Hasil tidak akan mengkhianati usaha, akhirnya perjuangan membebaskan Papua dari cengkeraman Belanda membuahkan hasil. Aku kemudian ditunjuk menjadi Gubernur di Papua. Setelah bergabung dengan Indonesia, Papua diubah namanya menjadi Irian Jaya, tapi kini telah diubah lagi menjadi Papua.
Tugas yang paling krusial pada saat aku menjabat sebagai Gubernur Papua adalah mengawal Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera). Dengan gigih aku meyakinkan masyarakat Papua untuk tetap bergabung dengan Indonesia. Akhirnya, Papua tetap menjadi bagian dari wilayah NKRI.
Atas upaya mempersatukan Papua dengan Indonesia, aku terpilih menjadi anggota parlemen untuk Papua pada pemilihan Majelis Permusyawaratan Rakyat tahun 1973 dan diangkat menjadi Dewan Pertimbangan Agung pada tahun 1977 sebagai wakil untuk urusan Papua.
Atas pengabdian jasanya, Frans Kaisiepo dianugerahi Bintang Mahaputra Adipradana Kelas Dua oleh pemerintah Indonesia. Dia diangkat secara anumerta sebagai Pahlawan Nasional Indonesia pada peringatan 30 tahun penyerahan Papua ke Indonesia pada tahun 1993.
Ia juga merupakan nama bandara lokal yang melayani Biak, yang dikenal sebagai Bandar Udara Internasional Frans Kaisiepo.
