Koordinator wilayah III DKi Jakarta menganggap bahwa apa yang terjadi antara Ketua Dewan Pembina YPPIC dan mereka yang diberhentikan sebagai Ketua Umum YPPIC dan kemudian mendirikan Yayasan Pembina Universitas Ibnu Chaldun adalah konflik, sehingga Universitas Ibnu Chaldun harus dinonaktifkan.
Pada hal sejatinya bukan konflik, apalagi setelah keluar putusan MA yang menolak gugatan mereka atas pemberhentian sebagai Ketua Umum dan pengurus YPPIC. Kalaupun dianggap konflik, tidak masuk akal universitas Ibnu Chaldun di nonaktifkan.
Untuk mengakhiri kemelut antara yang memberhentikan dan yang diberhentikan yang sudah membentuk Yayasan Pembina Universitas Ibnu Chaldun, maka Kopertis memediasi untuk islah (damai).
Hasil islah digugat balik di PN Jakarta Timur digugat balik oleh mereka yang diberhentikan dan Universitas Ibnu Chaldun kembali dinon-aktifkan dengan alasan kembali konflik
Kesimpulan
Perpecahan yang diciptakan di Universitas Ibnu Chaldun pada era Orde Baru dan Era Orde Reformasi, telah membuat terpuruk Universitas Ibnu Chaldun Jakarta.
Di era kepemimpinan Presiden Joko Widodo, muncul harapan baru bagi Universitas Ibnu Chaldun, Pertama, ada kebijakan yang lebih adil terhadap UIC yang mengaktifkan Universitas Ibnu Chaldun, karena tidak ada konflik di dalam UIC.
Kedua, logika sehat dijalankan karena tidak masuk akal mereka yang diberhentikan sebagai Ketua Umum dan pengurus Yayasan Pembina Pendidikan Ibnu Chaldun (YPPIC) membentuk yayasan baru yaitu YPUIC dan mengklaim sebagai pengelola Universitas Ibnu Chaldun (UIC) yang sah dan dibiarkan melakukan proses belajar mengajar atas nama UIC yang diduga keras secara abal-abal - tidak sesuai ketentuan hukum yang berlaku.
Ketiga, hukum selama puluhan tahun lamanya tidak berlaku adil terhadap Universitas Ibnu Chaldun karena dianggap lemah, sementara yang kuat, hukum tidak berlaku kepada mereka, kini hukum telah berlaku adil kepada UIC.
Keempat, Alfian Amoera yang diduga memalsukan dokumen saat mendirikan Yayasan Pembina Universitas Ibnu Chaldun (YPUIC), telah ditetapkan oleh polisi sebagai tersangka.
Kelima, reformasi internal Universitas Ibnu Chaldun yang dilakukan Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) dan mahasiswa telah merubah kondisi internal dan eksternal Universitas Ibnu Chaldun menjadi sangat dinamis dan diperhitungkan.
