Kondisi semacam itu, menyebabkan Universitas Ibnu Chaldun tidak berkembang maju sebagaimana universitas lain yang menjadi bagian dari rezim yang berkuasa.
Di Era Orde Reformasi
Tumbangnya Soeharto dan rezim Orde Baru, tidak serta merta membawa Universitas Ibnu Chaldun bangkit dan maju.
Pada tanggal 26 Mei 2006, Ketua Dewan Pembina telah melantik M. Iqbal Salim, SH menjadi Ketua Umum Yayasan Pembina Pendidikan Universitas Ibnu Chaldun untuk periode 2006-2011.
Akan tetapi, pada tanggal 24 Desember 2008, Ketua Dewan Pembina Yayasan Pembina Pendidikan Ibnu Chaldun (YPPIC) memberhentikan yang bersangkutan, dengan alasan antara lain tidak mampu mengemban amanah sebagai Ketua Umum YPPIC.
Mereka yang diberhentikan menempuh dua cara. Pertama, mengajukan gugatan ke PN Jakarta Timur. Selama proses di Pengadilan tiga tahun lamanya, Universitas Ibnu Chaldun di non aktifkan oleh Dikti. Selama masa penonaktifan (3 tahun), UIC tidak mendapatkan layanan dari Kopertis dan Dikti serta segala macam bantuan dari pemerintah maupun swasta.
Setelah keluar Putusan Mahkamah Agung (MA) yang menolak gugatan pihak penggugat, yang berarti memenangkan Ketua Dewan Pembina YPPIC, pihak kopertis dan Dikti tetap menon-aktifkan Universitas Ibnu Chaldun dengan alasan masih konflik.
Keputusan terhadap Universitas Ibnu Chaldun tidak adil karena Universitas Trisakti sebagai contoh yang konflik luar biasa antara rektorat dan yayasan bertahun-tahun lamanya, tidak diapa-apakan, Universitas Trisakti tetap aktif seperti biasa.
Kedua, mereka yang diberhentikan Ketua Dewan Pembina YPPIC mendirikan Yayasan Pembina Ibnu Chaldun (YPUIC) dan mengklaim sebagai pengelola Universitas Ibnu Chaldun.
Malangnya yayasan yang mereka bentuk diterima pendaftarannya di Dirjen AHU Kementerian Hukum dan HAM RI dan mendapat izin dari Dirjen Dikti dan juga menjalankan proses belajar mengajar atas nama Universitas Ibnu Chaldun Jakarta. Demikian pula halnya Yayasan Pembina Pendidikan Ibnu Chaldun (YPPIC) yang berdomisili di jalan Pemuda 1 Kavling 97 Rawamangun, Jakarta Timur.
Maka dua yayasan menjalankan proses belajar mengajar atas nama Universitas Ibnu Chaldun. Inilah sumber masalah yang dibiarkan pemrintah di masa lalu.
