Sulitnya menemukan jejak Wiji Thukul dan aktivis lain yang aktif pada era reformasi tahun 1998 sebagian besar disebabkan oleh dua faktor utama: kekacauan politik pada masa transisi dan keamanan yang tidak stabil. Setelah jatuhnya rezim Orde Baru, Indonesia mengalami periode perubahan besar yang ditandai dengan protes massa, kericuhan, dan perubahan dalam struktur kekuasaan. Di tengah kekacauan politik pada saat itu, banyak aktivis dan tokoh masyarakat sipil yang menghadapi ancaman keamanan dari berbagai pihak yang terkait.
Aktivis-aktivis seperti Wiji Thukul acapkali menjadi target operasi oleh kelompok-kelompok tertentu yang tidak ingin terjadi perubahan besar-besaran dalam struktur kekuasaan atau yang menganggap mereka sebagai ancaman terhadap stabilitas. Kondisi seperti ini menciptakan lingkungan yang tidak aman bagi mereka untuk bergerak atau bahkan untuk berkomunikasi dengan orang-orang terdekat. Seiring dengan berlalunya waktu, jejak-jejak mereka semakin sulit untuk diikuti dan mengetahui nasib mereka semakin tidak jelas.
Wiji Thukul kemungkinan besar sudah meninggal setelah penangkapannya dan mengalami berbagai penyiksaan oleh para penculiknya.
Salah satu dugaan berdasarkan keterangan saksi, jenazah para korban penculikkan dimasukkan ke dalam drum, dilas, lalu ditenggelamkan di Teluk Jakarta.
Versi lain, jenazah dibawa keluar kota, jauh dari Jakarta, dikubur di hutan, di tempat antah berantah, agar tidak bisa ditemukan lagi.
Berdasarkan catatan KontraS, ada satu aktivis korban penculikkan bernama Leonardus Nugroho alias Gilang yang hilang pada April 1998, ditemukan 3 hari kemudian di Magetan, Jawa Timur dalam kondisi tewas dengan luka tembakan.
Mengapa Sampai Sekarang Keberadaan Mereka Belum Ada Kejelasan?
Keberadaan Wiji Thukul dan sejumlah aktivis lainnya yang menghilang masih menjadi misteri yang sampai saat ini belum terpecahkan. Upaya-upaya pencarian dan investigasi telah dilakukan oleh keluarga, teman-teman, organisasi HAM, sampai para relawan yang peduli terhadap nasib mereka. Namun, keberadaan mereka belum pernah diungkapkan secara tuntas.
Faktor-faktor seperti kekurangan bukti yang kuat, terbatasnya akses ke informasi, dan pihak-pihak terkait yang menolak bekerja sama, semuanya menyulitkan upaya dalam mengungkapkan kebenaran. Kondisi politik dan keamanan yang berubah-berubah juga memengaruhi upaya-upaya tersebut, karena prioritas pemerintah dan masyarakat acapkali dialihkan pada masalah-masalah lain yang mendesak.
Hingga saat ini, keberadaan Wiji Thukul masih menjadi misteri, apakah beliau masih hidup? kalau iya dimana beliau sekarang, atau justru sudah meninggal, kalaupun telah wafat, dikubur dimana ia?. Sayangnya pertanyaan-pertanyaan tersebut masih menjadi hutang pemerintah yang tidak kunjung dibayar.
Mengenang Wiji Thukul Melalui Karya-karyanya