Metode ini santri dan guru biasanya terlibat debat dalam sebuah forum perdebatan untuk memecahkan masalah yang ada. Dalam musyawarah santri diperkenankan berdebat secara bebas asal tetap memiliki kerangka acuan yakni kitab-kitab utama.Â
Kegiatan musyawarah adalah merupakan aspek dari proses belajar dan mengajar di pesantren salafiyah yang telah menjadi tradisi khususnya bagi santri-santri yang mengikuti sistem klasikal.Â
Kegiatan ini suatu keharusan bagi para santri, sama halnya seperti keharusan mengikuti kegiatan belajar kitab-kitab dalam proses belajar mengajar. Bagi santri yang tidak mengikuti atau mengindahkan peraturan kegiatan musyawarah, akan dikenai sanksi, karena musyawarah sudah menjadi ketetapan pesantren yang harus ditaati untuk dilaksanakan.
Antara pemikiran pembaharuan pendidikan pesantren KH. Abdul Wahid Hasyim dengan pendidikan pesantren di Indonesia masa sekarang masih sangat relevan. Â
Hal ini disebabkan karena KH. Abdul Wahid Hasyim meletakkan dasar penting bagi pendidikan sistem klasikal di lingkungan pesantren, mendirikan perpustakaan yang tidak hanya berisikan buku-buku agama namun juga pengetahuan umum, serta pencetus awal pendirian madrasah formal di lingkungan pesantren yakni Madrasah Nizhomiyah yang masih diikuti konsepnya hingga hari ini.
