Dari model diatas porositas () didefiniskan sebagai rasio dari total volume gas dan liquid yang mengisi ruang dari total volume representatif. Selain itu didefinisikan saturasi (S) sebagai  fraksi volume dari air liquid dibagi volume total dari air dan gas. Persamaan dari keduanya ditulis sebagai berikut Dua persamaan non-dimensional ini akan digunakan untuk menggambarkan fraksi volume dari fase solid (1- ), liquid (S), dan gas ((1-S)).
Konsevasi massa fase solidÂ
      Pada fase solid tidak ada pergerakan flux panas, tetapi struktur dari biji kopi akan bereaksi dengan CO2. Ic* adalah laju produksi CO2 dimana porositas dari biji kopi akan membesar semakin banyak CO2 yang diproduksi.
Konservasi massa fase liquid
      Pada fase liquid kehilangan air karena evaporasi disebabkan oleh flux massa dan difusi (jw). Iv* adalah laju evaporasi dari air liquid. Hal ini menandakan saturasi lokal akan meningkat berdasarkan kondensasi atau evaporasi lokal, juga pergerakan air liquid dari flux massa.
Konservasi massa fase gas
      Pada fase gas transportasi uap air (jv) dan CO2 (jc) dimasukan dalam persamaan, sebagaimana laju produksi CO2 dan laju evaporasi. Hukum persamaan gas ideal di gunakan untuk menggambarkan pergerakan keduanya.
Konservasi energiÂ
      Pada tiap fase yang telah dimodelkan, masing-masing memiliki entalpinya masing-masing. Entalpi digambarkan sebagai   yang berkontribusi pada flux panas difusif . Persamaan entalpi dikalikan denan v sebagai kecepatan perpindahan. Energi yang digunakan untuk memproduksi CO2 dan uap air digambarkan sebagai perkalian antara laju produksi keduananya dengan panas laten keduanya, c Ic* untuk CO2 dan v Iv* untuk uap air.
Nondimensionalisasi PDE
      Persamaan yang telah didapat diatas di nondimensikan untuk mempermudah melihat hubungan dari masing-masing persamaan. Semua persamaan ini kemudian dibatas dengan persamaan batasan konsentrasi pada permukaan sel biji kopi dan kondisi inisial dari biji kopi. Untuk menyederhakan persamaan-persamaan diatas karen beberapa parameter sulit didapatkan hasil eksperimennya terutama yang berhubungan dengan produksi CO2 maka porositas yang berhubungan dengan CO2 dianggap konstan.
