BIRO-BIRO
Biro Pendidikan Kepesantrenan/Non-Formal : K. A. Muhajir Bahruddin
Biro Pembinaan Bahasa : K. A. Farid Hasan
 Biro Pembinaan Minat dan Keorganisasian Santri : K. A. Faidli Abbasi
 Biro Pendidikan Keterampilan dan Kewirausahaan : Amir Thaha
 Biro Keamanan dan Ketertiban : K. A. Syauqi Ishom
 Biro Kesehatan, Lingkungan Hidup,
dan Pengabdian kepada Masyarakat : K. M. Zamiel el-Muttaqien
Biro Sarana dan Prasarana : Mumdarin
Biro Humas, Publikasi, dan Alumni : K. A. Maimun Syamsuddin Yayasan Annuqayah
Lembaga ini didirikan pada tahun 1984. Pada awalnya alasan pendirian yayasan dimaksudkan untuk memenuhi persyaratan mendirikan sekolah tinggi. Tetapi akhirnya tugasnya diperluas mengelola pendidikan dasar dan menengah. Selain itu, Yayasan Annuqayah memiliki unit usaha pertokoan, home industri, tambak, pertanian dan perkebunan, yang menjadi aset dan sumber penghasilan yayasan.
