Annuqayah merupakan pesantren yang berbentuk federasi. Hal itu dimulai sejak Kyai Abdullah Sajjad mendirikan pesantren sendiri yang bernama Latee pada tahun 1923. Inisiatif itu dilakukan ketika Annuqayah daerah Lubangsa yang didirikan Kyai Syarqawi tidak mampu lagi menampung santrinya. Berdirinya daerah Latee kemudian diikuti oleh berdirinya daerah-daerah lain. Hingga tahun 1972 Annuqayah sudah terdiri dari lima daerah yang seluruhnya diasuh oleh keturunan dan menantu Kyai Syarqawi. Pondok Pesantren Annuqayah.
Lembaga ini berupa kepengurusan yang terstruktur, terdiri dari Dewan Pengasuh, Pengurus Harian dibantu oleh bidang kesekretariatan atau petugas administrasi yang berkenaan dengan unit-unit kegiatan yang berupa biro-biro yang ada di bawahnya. Biro ini membawahi unit-unit kegiatan santri, seperti program khusus pendidikan bahasa asing, pendidikan kepesantrenan, kesehatan dan lingkungan, pramuka, jurnalistik, pembinaan ketrampilan, perpustakaan, penerbitan, pengabdian masyarakat, dan lain-lain. Ada juga biro yang menangani pembangunan sarana dan prasarana fisik di lingkungan pesantren.
Dewan Pengasuh, yang terdiri dari tujuh kiai sepuh, merupakan jajaran pimpinan yang pemegang kebijakan tertinggi sekaligus membina pelaksanaan kegiatan pendidikan dan kepesantrenan. Sementara Pengurus Harian merupakan pelaksana kebijakan-kebijakan Dewan Pengasuh, serta mengatur tata tugas dan pendelegasian tugas melalui organ-organ di bawahnya, menurut aturan mekanisme kerja yang telah ditentukan.
Berikut ini personalia pengurus Pondok Pesantren Annuqayah Masa Bakti 2006-2010.
DEWAN PENGASUH
1. KH. Ahmad Basyir AS. (Ketua)
2. KH. Moh. Mahfoudh Husaini
3. KH. Moh. Ishomuddin AS.
4. Drs. K.H. Warits Ilyas
5. KH. A. Muqsith Idris
6. KH. A. Basith AS. BA.
