Kerusakan ekosistem
Perubahan suhu, komposisi kimia, kadar oksigen terlarut dan sifat fisik air waduk seringkali tidak sesuai dengan tumbuhan dan hewan air yang berevolusi dengan sistem sungai tertentu. Terlebih ketika kemudian muncul usaha perikanan yang sering menampung spesies non-asli dan invasif yang bakal semakin merusak komunitas tumbuhan dan hewan alami sungai.
Efisiensi pemanfaatan sumber daya alamÂ
Dalam bukunya ' Biodiversity a Third World Perspecteve, ahli filsafat dan fisika Dr Vandana Syiva mengungkapkan dampak negative pembangunan waduk, diantaranya lenyapnya ribuan atau mungkin jutaan spesies flora dan fauna, yang sebagian besar belum terdeteksi dan terinventarisasi.
Berarti hilang pula spesies yang berpotensi mengandung obat-obatan, bahan pengembangan pangan, sumber ilmu pengetahuan, dan lain-lain yang sangat berguna untuk menopang perkembangan peradaban.
Berdampak pada perubahan iklim.
Keberadaan waduk dengan menghancurkan kawasan yang memiliki keaneka ragaman hayati berkontribusi hingga seperempat proses pemanasan global karena gas metan dan karbondioksida yang dihasilkan.
Sebuah studi mengungkapkan sebagian besar waduk, terutama di daerah tropis merupakan kontributor signifikan terhadap emisi gas rumah kaca (GRK) yang setara  dengan industri penerbangan, atau sekitar 4% dari emisi GRK yang disebabkan oleh manusia.
Mari Berkenalan dengan SRI
Jadi gimana dong? Pertanian kan membutuhkan pembangunan waduk. Â