Untuk itu akan digelar operasi militer yang tentunya menyebabkan Sukarno semakin membutuhkan Nasution.
Tetapi kemudian kemesraan Sukarno - Nasution itu kelihatannya akan berlalu terutama ketika Nasution menunjukkan sikapnya yang tidak senang sewaktu ia melihat pengaruh PKI terhadap Sukarno semakin menguat.Nasution dikenal sebagai perwira TNI yang sangat anti terhadap PKI.
Pada bulan Juli 1962 ,Sukarno melakukan reorganisasi struktur ABRI .
Kepala staf masing masing angkatan ditingkatkan statusnya menjadi Panglima Angkatan .Dalam struktur ABRI yang demikian ,Nasution ditempatkan sebagai Kepala Staf ABRI sedangkan Panglima Angkatan Darat dijabat oleh Jenderal Ahmad Yani .Sesungguhnya Yani juga perwira tinggi yang anti terhadap PKI tetapi ia juga seorang loyalis Sukarno.
Dalam posisi Nasution yang kian melemah itu, tahun 1965 terjadilah tragedi berdarah peristiwa G30 S.
Nasution adalah salah satu target operasi penculikan ,tetapi ia lolos dari marabahaya maut. Sementara Jenderal Yani beserta beberapa petinggi Angkatan Darat lainnya berhasil diculik dan kemudian tewas di Lubang Buaya .
Dengan tewasnya beberapa jenderal Angkatan Darat maka muncullah Mayor Jenderal Suharto ,Pangkostrad mengambil alih komando pada Angkatan Darat .
Walaupun Nasution pada masa itu sudah kehilangan garis komando pada hirarki Angkatan Darat tetapi harus diakui pengaruh dan wibawa nya di jajaran ABRI masih cukup kuat .
Tidak berlebihan kalau menyebut pada masa itu popularitas dan pengaruh Nasution masih lebih tinggi ketimbang Suharto.
Dengan pengaruh dan wibawanya yang masih tinggi itu maka banyak kalangan yang menyesalkan Nasution ,mengapa tidak mengambil alih kekuasaan pada waktu itu .
Penyesalan terhadap sikap Nasution itu semakin menguat ketika kemudian Suharto mampu mengeliminir pengaruh Nasution sehingga membuat Nasution semakin tidak berdaya secara politik.
