Mutasi gen sendiri dibagi menjadi dua kategori umum, yaitu substitusi pasangan basa dan pergeseran rangka. Substitusi pasangan basa adalah penggantian satu nukleotida dan pasangannya dalam rantai DNA komplementer dengan pasangan nukleotida lain. Substitusi pasangan kembali dibagi menjadi dua, yaitu transisi dan transversi. Transisi adalah substitusi pasangan basa yang sejenis, contohnya substitusi satu purin oleh purin yang lain atau satu pirimidin dengan pirimidin yang lain. Transversi adalah subtitusi pasangan basa yang tidak sejenis, contohnya substitusi suatu purin dengan pirimidin. Mutasi pergeseran rangka adalah penambahan atau pengurangan satu atau lebih pasangan nukleotida pada suatu gen. Mutasi pergeseran rangka dibagi menjadi dua, yaitu insersi dan delesi. Insersi adalah penambahan satu atau lebih pasangan basa pada suatu gen. Delesi adalah pengurangan satu atau lebih pasangan basa pada suatu gen.
Mutasi kromosom merupakan mutasi struktur genetik yang disebabkan perubahan susunan dan jumlah kromosom. Mutasi kromosom secara umum dibagi menjadi dua, yaitu mutasi struktur kromosom dan mutasi jumlah kromosom. Mutasi struktur kromosom sendiri kembali dibagi menjadi empat, yaitu delesi, duplikasi, inversi, dan translokasi. Delesi adalah patahnya fragmen kromosom yang mengakibatkan hilangnya gen tertentu yang terdapat pada kromosom tertentu.Â
Duplikasi adalah penambahan sebagian gen pada kromosom karena kromosom berikatan dengan fragmen kromosom homolog lainnya. Inversi adalah fragmen kromosom yang patah kembali ke kromosom asalnya dengan posisi terbalik. Translokasi merupakan fragmen kromosom patahan berikatan dengan kromosom nonhomolog dan terjadi penataan ulang susunan kromosom. Euploid dan aneuploid merupakan bagian dari mutasi jumlah kromosom. Euploid adalah perubahan jumlah kromosom pada tingkat genom.Â
Jumlah kromosom organisme euploid merupakan kelipatan dari jumlah kromosom pada satu genom. Pengurangan kromosom dari diploid akan menghasilkan monoploid, sedangkan peningkatan jumlah kromosom dari diploid akan menghasilkan poliploid. Aneuploid merupakan penambahan atau pengurangan satu atau beberapa kromosom pada genom sehingga kandungan kromosom di dalam nukleus bukan merupakan kelipatan dari jumlah kromosom haploidnya. Penambahan satu kromosom disebut trisomi, sedangkan pengurangan satu kromosom disebut monosomi.
Berdasarkan faktor kejadiannya, mutasi dibagi menjadi 2, yaitu mutasi alami dan mutasi buatan. Mutasi alami adalah peristiwa mutasi yang muncul tiba tiba secara alami. Pada peristiwa ini, gen yang yang mengalami sulit untuk diketahui karena setiap individumemiliki jumlah gen yang berbeda atau rata rata sekitar 100.000 gen. Mutasi alami terjadi karena radiasi sinar kosmis (sinar luar angkasa), radiasi sinar radioaktif, dan radiasi sinar ultraviolet sehingga mutasi alami jarang terjadi. Mutasi buatan atau mutasi induksi ditemukan setelah adanya teknik rekayasa genetika. Mutasi buatan seringkali dilakukan dengan tujuan penelitian genetika untuk memperoleh genotipe baru.
Mutasi kembali dibagi menjadi dua berdasarkan tip sel yang mengalami mutasi, yaitu mutasi germinal dan mutasi somatik. Mutasi germinal adalah mutasi yang terjadi pada sel kelamin (gamet). Mutasi ini disebut mutasi germinal karena dapat diwariskan kepada keturunannya atau bersifat keturunan. Mutasi germinal bertanggung jawab pada terjadinya variasi dalam suatu populasi. Mutasi somatik merupakan mutasi yang terjadi pada sel sel soma atau sel sel tubuh. Jika mutasi germinal bersifat keturunan, maka mutasi somatik tidak bersifat keturunan.
Seperti yang telah dijelaskan di atas, terdapat beberapa perbedaan antara sel prokariotik dan sel eukariotik. Perbedaan yang paling utama dapat ditemukan pada bentuk DNA, dinding sel, struktur dan letak ribosom, dan membran inti sel. Sedangkan mutasi adalah perubahan genetik dari satu individu yang bersifat menurun.
'Sel eukariotik lebih mudah mengalami mutasi daripada sel prokariotik'. Saya memiliki alasan yang kuat mengapa saya setuju dengan pendapat di atas. Alasan saya yang pertama berkaitan dengan dinding sel. Dinding sel adalah struktur yang terletak di luar membran plasma. Dinding sel hanya terdapat pada archaebacteria, eubacteria, protista mirip jamur dan tumbuhan, dan plantae. Pada protista mirip hewan dan animalia tidak dijumpai dinding sel sehingga dapat kita lihat bahwa organisme yang termasuk dalam kelompok tersebut dapat bergerak bebas. Dinding sel berfungsi untuk melindungi sel, mempertahankan bentuk sel, dan mencegah penyerapan air yang berlebihan.
Sel prokariotik merupakan sel yang primitif. Sebagai sel yang primitif, sel prokariotik pasti memiliki bentuk pertahanan diri yang kuat. Pertahanan diri itu dilakukan dengan cara membentuk dinding sel. Pada archaebacteria, dinding selnya berupa pseudopeptidoglikan. Pseudopeptidoglikan sendiri tersusun atas lipid, gula, dan protein. Hal ini menyebabkan archaebacteria mampu bertahan pada lingkungan yang ekstrem. Selain itu, membran plasma archaebacteria juga tersusun atas lipid yang membuatnya semakin bisa hidup di lingkungan yang ekstrem. Berdasarkan habitatnya, archaeacteria dibagi menjadi 3 jenis, yaitu bakteri metanogen, halofil, dan termoasidopfil.Â
Bakteri metanogen adalah bakteri yang menghasilkan metana dari gas hidrogen dan karbondioksida atau asam asetat (asam cuka). Bakteri metanogen biasanya ditemui di daerah sungai dan berperan sebagai pengurai. Contohnya adalah Methanobacterium. Bakteri halofil adalah bakteri yang hidup di lingkungan yang memiliki kadar garam sangat tinggi. Bakteri ini hidup optimal pada kadar garam 20%. Contohnya adalah Halobacterium. Bakteri termoasidopfil yaitu bakteri yang hidup pada lingkungan yang panas dan asam. Kondisi optimal untuk bakteri ini adalah sekitar suhu 60 hingga 80 derajat celcius dengan pH 2 sampai 4. Bakteri ini mudah ditemukan di daerah yang mengandung banyak asam sulfat, seperti di kawah vulkanik. Contohnya adalah Sulfolobusdan Thermoplasma.
Dari penjelasan tersebut, kita dapat melihat bahwa dinding sel archaebacteria yang terdiri dari pseudopeptidoglikan mampu melindungi sel sel yang hidup di lingkungan ekstrem tersebut. Bahkan pada bakteri termoasidopfil, dinding sel tersebut masih kuat bertahan dari asam sulfat dan suhu yang tinggi. Seperti yang kita ketahui bahwa asam sulfat merupakan salah satu mutagen dari kelompok bahan kimia. Bakteri termoasidopfil yang masih mampu bertahan hingga saat ini menjadi bukti bahwa mutagen berupa bahan kimia dan suhu tidak mampu menembus dinding sel archaebacteria. Jika mutagen tersebut mampu menembus dinding sel dari archaebacteria, maka mutasi akan terjadi dan akan muncul sifat pewarisan baru dari hasil mutasi tersebut.