Musrembang Desa meskipun memiliki arti penting dalam proses perencanaan pembangunan desa yang mana akan menentukan seperti apa arah pembangunan desa ke depan, namun nyatanya masih menyimpan banyak permasalahan yang berujung kepada esensi kehadiran masyarakat yang dianggap sebagai formalitas dalam pembangunan desa, dibandingkan dengan secara substansi melibatkan masyarakat sebagai subjek pembangunan yang memiliki hak untuk turut serta menyampaikan aspirasi dan turut serta menyetujui atau menolak program pembangunan desa.
Permasalahan dalam Musrembang Desa antara lain, yaitu:
Pertama, Musrembang Desa sebagai forum yang menghadirkan masyarakat dalam menentukan rencana arah pembangunan desa nyatanya tidak memberikan peluang kepada seluruh elemen masyarakat untuk hadir dan terlibat, tetapi melalui perwakilan yang sudah ditentukan berdasarkan aturan yang ada yaitu tokoh masyarakat seperti tokoh adat, tokoh agama dan tokoh masyarakat[1].Â
Meskipun kehadiran tokoh tersebut merepresentasikan elemen yang ada di masyarakat, namun tidak bisa dilepaskan kepada penciptaan forum perencanaan pembangunan yang bersifat elitis yang mana perencanaan pembangunan desa ditentukan oleh elit-elit desa.
Pemahaman tersebut diatas mendorong adanya urgensi tambahan klausul tentang aturan yang memungkinkan akomodasi seluruh elemen masyarakat yang ada di desa tanpa melalui perwakilan tokoh.
Sehingga, masyarakat biasa yang memiliki potensi berkontribusi dalam proses peembangunan desa atau masyarakat yang memiliki kebutuhan untuk diakomodasi dalam program pembangunan desa seperti penyandang keterbatasan fisik/disabilitas dapat memiliki hak untuk hadir dan ikut serta dalam forum Musrembang Desa.
Kedua, perihal informasi data dan artikulasi isu pembangunan desa.
Informasi mengenai profil desa beserta dengan potensi dan permasalahannya tidak hanya wajib dimiliki oleh pemerintah desa semata, tetapi oleh pihak-pihak yang terlibat dalam Musrembang Desa, sehingga setiap peserta Musrembang Desa dapat menyampaikan aspirasi, tuntutan serta solusi terhadap permasalahan desa yang didasarkan kepada informasi desa tersebut[2].
Praktiknya informasi mengenai profil desa dan data permasalahan desa hanya dimiliki oleh pemerintah desa, masyarakat memiliki keterbatasan dalam mengakses informasi dan data desa tersebut, sehingga  hal ini akan berimplikasi kepada tidak optimalnya kontribusi masyarakat dalam Musrembang Desa dikarenakan isu-isu yang disampaikan oleh pemerintah desa akan ditanggapi oleh masyarakat secara terbatas hanya kepada data yang disampaikan oleh pemerintah desa.
Selain kepada permasalahan tersebut, data desa sedari awal menjadi domain pemerintah desa, sehingga pemerintah desa mengartikulasikan isu-isu pembangunan desa secara dominan dan masyarakat dituntut untuk menyesuaikan dengan isu yang dipaparkan oleh pemerintah desa.Â