Selian itu kemenag menurut Yaqut juga harus bisa menjadi cermin bagaimana perbedaan tidak dijadikan sebuah hambatan saling bermusuhan satu sama lain sesame warga negara.
Yaqut sendiri mengatakan bawasannya mereka yang bukan saudaramu dalam iman, tapi saudaramu dalam kemanusiaan. Ini contoh toleransi tingkat tinggi yang harus jadi teladan dalam mengemban Kementrian Agama.
Untuk itu dalam upaya mengankomodir berbagai perbedaan baik agama maupun minoritas kelompok berbasis agama sendiri.
Sebagai gebrakan baru dalam pekerjaannya sebagai Menteri Agama yang baru Yaqut Cholil Qoumas menyatakan pemerintah akan mengafirmasi hak beragama warga Ahmadiyah dan Syiah yang selama ini terdiskriminasi di Indonesia sebagai langkah awal afirmasi pada minoritas.
Seperti diketahui para pengungsi Syiah di Sidoarjo dan kelompok Ahmadiyah di Mataram mengalami persekusi oleh kelompok Islam 'berjubah'.
Menurutnya langkah dari kementrian agama yang dipimpinnya  akan memfasilitasi dialog menjembatani perbedaan beragama selama ini. Yaqut tidak ingin ada kelompok beragama yang terusir dari kampung halaman mereka  sendiri karena perbedaan keyakinan.
Senada dengan itu, Guru Besar Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta Azyumardi Azra menanggapi adanya kepemimpinan baru di kementrian Agama. Dirinya menyarankan agar pemerintah melalui kementrian Agama mengafirmasi kelompok minoritas.
Azyumardi sendiri menyampaikan padangannya tersebut  secara daring pada forum Professor Talk Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) di Jakarta, Selasa (15/12).
Tidak hanya itu, menurut Guru Besar Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah, yang sangat perlu diafirmasi terutama bagi mereka yang memang sudah tersisih dan kemudian terjadi persekusi dilingkungan masyarakat.
Selama ini menurut Azyumardi, afirmasi minoritas sendiri kurang diberikan pemerintah indonesia terhadap kelompok minoritas. Salah satunya adalah ada ketidakbebasan saat pemeluk agama minoritas medirikan tempat ibadah.
Sebagai contoh menurut Azyumardi dan terjadi saat ini di wilayah yang mayoritas Kristen, itu Katolik susah bikin gereja. Yang mayoritas Katolik, orang Kristen juga susah untuk membangun. Begitu juga dengan minoritas-minoritas agama lain.
