Seminari Mertoyudan merupakan Sekolah Menengah Atas yang dikhususkan untuk pendidikan para calon imam atau pastor. SMA Seminari Mertoyudan juga dikenal sebagai rumah formasi bagi para calon gembala Gereja.
 Tujuan dari Seminari Mertoyudan sendiri juga untuk menjadi rumah formasi bagi para calon gembala yang gigih dan gembira mencintai Kristus, haus akan pengetahuan dan berhasrat melayani. Seminari Mertoyudan juga memiliki nilai yang mereka yang mereka junjung biasa disebut sebagai 3S yaitu sanctitas, sanitas, dan scientia.
Sanctitas atau kesucian merupakan nilai yang dibina dan dijunjung untuk keperluan formasi yang holistik. Siswa dibina dan dibimbing untuk mengolah spiritualitas serta mengutamakan kejujuran agar semakin serupa atau mendekati kesempurnaan citra Allah.Â
Seminaris dibina untuk semakin mendalami serta mengolah batin melalui hal / kegiatan holistik untuk semakin merasakan pengalaman akan Tuhan. Tidak lupa juga dengan moral yang ditinggikan untuk melatih para seminaris juga supaya semakin menjunjung nilai kemanusiaan.
Para seminaris dibina juga melalui berbagai sarana dan didampingi oleh pamong masing - masing. Terdapat sepuluh staf yang berfokus pada pembinaan iman dan bimbingan rohani. Ditambah masih banyak lagi staf eksternal yang membantu dalam peranan bimbingan rohani para seminaris.Â
Dalam bimbingan rohani, para seminaris diminta untuk membuat consideratio status yaitu dinamika perasaan selama satu bulan terakhir dan diolah dalam ruang diskresi bersama melalui bimbingan rohani.Â
Formasi sendiri berasal dari bahasa latin yaitu formatio, yang artinya pembentukan. Para seminaris yang tergabung dalam komunitas Seminari Mertoyudan dibina/dididik dan dibentuk untuk menjadi pribadi yang mengarah pada iman melalui habitus - habitus disipliner dan holistik. Sedangkan, seminari berasal dari bahasa latin yaitu seminarium dengan kata dasar cemen yang artinya benih. Tempat yang merujuk pada pembibitan terutama bagi para calon gembala Gereja yang baik dan menjunjung kemanusiaan.Â
Universal Apostolic Preferences atau UAP menjadi titik utama nilai formasi. Uap yang pertama yaitu menunjukan jalan menuju Allah lewat penularan diskresi dan Latihan Rohani. Di Seminari Mertoyudan, para seminaris dibimbing secara bertahap dan intens untuk semakin menumbuhkan sikap diskretif. Sikap diskretif menjadi acuan dasar bagi para seminaris dan para formator dalam menumbuhkan kepekaan akan realitas zaman atau era post truth, saat kebohongan dapat menjadi wujud / menyamar sebagai kebenaran.Â
Pada proses formasi, para seminaris dibimbing melalui koreksi terhadap berbagai latihan doa dan refleksi harian. Seminaris difokuskan pada formasi untuk berefleksi setiap hari menyadari serta merasakan pengalaman akan Tuhan dalam kehidupan sehari - hari. Terdapat bimbingan khusus oleh prefek spiritual untuk semakin mendalami dan mencecap - cecap pengalaman akan Allah dalam pengalaman - pengalaman sederhana, tetapi kompleks. Koreksi serta colloquium bersama bidang keprefekan juga menjadi sarana khusus yang hanya ada di Seminari Mertoyudan ini untuk semakin mengenal dan menyelam ke dalam diri dalam ruang diskresi bersama.Â
Diskresi sendiri artinya menimbang - nimbang. Mencecap dan menimbang - nimbang sebagai dasar awal seseorang untuk membuat keputusan. Dalam formasi, diskresi menjadi hal utama yang perlu dilatih dan ditumbuhkan oleh tiap seminaris sehingga mampu mengambil keputusan yang terbaik dan melibatkan Tuhan dalam keputusan praktis. Seminaris diberi kesempatan untuk berdiskresi setiap saat dalam penuh kesadaran serta menemukan Tuhan dalam diskresi serta memaknai hasil perjumpaannya dengan Tuhan lewat refleksi harian.Â