"Saya suka pandangannya tentang teknologi tinggi," kata Prabowo. "Hal itu menarik hati saya." Selalu terdapat hal seperti ini: "Kami akan menunjukkan bahwa Indonesia dapat menjadi luar biasa." Mereka sering bertemu. Di antara sesama jenderal, Prabowo merupakan pelindung Habibie yang sangat bersemangat.
Kesehatan Soeharto mulai goyah. Dia terkena stroke ringan pada bulan Desember 1997. Habibie memiliki kesempatan yang baik untuk menggantikannya, peluangnya jauh lebih baik daripada yang pernah dialami para wakil presiden sebelumnya.
 Bagi Prabowo, kenaikan Habibe menjadi presiden berarti sebuah peluang emas untuk menjadi Panglima ABRI. "Beberapa kali dia (Habibie) menyebutkan: kalau saya jadi presiden, kamu akan menjadi panglima angkatan bersenjata, kamu akan berbintang empat."
Ketika dia telah mendapatkan satu reputasi atas kesetiaan penuhnya pada Soeharto, Prabowo juga memelihara hubungan dengan pihak-pihak yang mengkritik rezim Orde Baru.
Itu akan menjadi kenyataan jika terjadi suksesi wajar. Runtuhnya rupiah, yang mulai pada bulan Oktober 1997, telah mengirimkan gelombang kerusuhan sosial ke seluruh Nusantara. Januari 1998, sebuah bom meledak di sebuah apartemen di Jakarta yang sedang dipakai oleh anggota sayap kiri Partai Rakyat Demokratik (PRD) yang terlarang. Militer berusaha menghadapi tuntutan demonstrasi mahasiswa.Â
Beberapa aktivis hilang secara misterius pada 27 April. Pius Lustrilanang memberi kesaksian tentang penculikan dan dua bulan penahanannya. Itu adalah laporan pertama dari banyak laporan oleh para aktivis yang diculik.Â
Selama interogasinya, Lustrilanang mengatakan, dia telah disetrum dengan aliran listrik dan dibenamkan ke dalam air. Walau Wiranto menyangkal bahwa penculikan itu adalah policy, muncul kecurigaan umum yang diarahkan pada tubuh militer, khususnya Kopassus, yang masih identik dengan Prabowo, meskipun dia tidak lagi bersatu dengan unit tersebut.
Ketika dia telah mendapatkan satu reputasi atas kesetiaan penuhnya pada Soeharto, Prabowo juga memelihara hubungan dengan pihak-pihak yang mengkritik rezim Orde Baru.Â
Prabowo menjalin hubungan dengan Jenderal Nasution hingga Adnan Buyung Nasution, seorang ahli hukum yang menjadi pendiri Lembaga Bantuan Hukum Indonesia, sebuah lembaga yang banyak membela dan membantu aktivis-aktivis anti-Soeharto.
Prabowo membangun hubungan dengan tokoh-tokoh muslim, yang menganggap diri mereka menjadi korban pemerintahan militeristik yang dipengaruhi oleh kekuatan Kristen, sekaligus korban pengucilan ekonomi dalam dominasi etnik Cina. Di antara mereka ada nama Amien Rais, seorang profesor dari Yogyakarta yang melakukan perlawanan terhadap kekuatan Kristen dan dominasi etnis Cina di bidang ekonomi dan bisnis, dan mulai mengeluarkan kritik terbuka terhadap Soeharto.
Kontak-kontak Prabowo yang tidak lazim itu, dan kedekatannya dengan Habibie, membuatnya terasing dari lingkungannya di sekeliling Presiden.
