Melalui partai yang didirikannya, Semaun memproklamasikan berdirinya, Republik Sosialis Indonesia sekaligus menghantam Belanda tahun 1926. Kurang matang, pemberontakan tersebut berhasil diberangus. Semaun diasingkan keluar negeri.
Soekarno yang memakai taktik kompromi dengan pihak asing lebih beruntung. Kelebihannya pula, ia mampu menggaet dan mendapat kepercayaan dari tokoh-tokoh pergerakan lainnya, yang berbeda-beda ideologi perjuangan. Diapun lihai memobilisasi massa dan mendapat kepercayaan rakyat. Ia akhirnya berhasil memproklamasikan berdirinya Republik Indonesia, tahun 1945. Disebutkan, sebenarnya Sekarmadji sempat memproklamasikan berdirinya Negara Islam Indonesia lebih dulu dari Soekarno, namun menghargai sahabatnya, ia menarik proklamasinya dan memilih mendukung Republik Indonesia.
Terlalu banyak kompromi dengan asing, Semaun berang terhadap Soekarno, hanya saja tidak bisa berbuat apa-apa karena diluar negeri. Dia pengaruhi Musso, murid HOS Cokrominoto yang lain, yang sealiran dengannya. Di Madiun 1948 Musso memproklamasikan berdirinya, Republik Sosialis Indonesia. Meletuslah perang saudara pertama. Soekarno harus berhadapan dengan sahabat seperguruannya sendiri. Batalyon Siliwangi dikerahkan menghantam tentara-tentara sosialis. Soekarno menang, Musso terbunuh. Dengan mata sembab dalam pidatonya, dia menyalahkan Semaun yang disebutnya tidak sabaran. Meski PKI bentukan Semaun, dibalik peristiwa tersebut, Soekarno tidak pernah menyebut itu sebagai Pemberontakan PKI, sejarah versi Orde Lama menyebutnya peristiwa Madiun 1948, Orde Barulah yang kemudian menyebut dalam sejarah, peristiwa tersebut sebagai pemberontakan PKI dan menyebut pelaku-pelakunya sebagai pengkhianat dan pemberontak.
Setahun berikutnya, sahabatnya yang lain juga meluapkan kemarahan. Kemarahan Sekarmadji pada Soekarno, karena Soekarno menghapus kalimat “... dengan kewajiban menjalankan syari’at Islam bagi pemeluk-pemeluknya.” pada Piagam Jakarta sehingga hanya menyisakan kalimat, “Ketuhanan yang Maha Esa”.
Tahun 1949, Sekarmadji mendirikan Negara Islam Idonesia lengkap dengan qanun asasinya yang berdasar Islam. Dia menyusun pemerintahan dan mengangkat diri sebagai Imam Darul Islam. Dia punya perwakilan dan aparat di Aceh, Kalimantan dan Sulawesi.
