Butuh 13 tahun Soekarno untuk menghentikan perjuangan sahabat lamanya itu. Sekarmadji akhirnya ditangkap, diusianya yang semakin senja dan mulai sakit-sakitan. Sang imam dihadapkan di mahkamah militer, dan dijatuhi vonis mati. Dengan berat hati, Soekarno menandatangani perintah eksekusi mati teman lamanya itu. Versi lainnya menyebutkan, Soekarno sebenarnya memerintahkan, agar Sekarmadji ditangkap hidup-hidup. Namun TNI atas perintah AH. Nasution, malah mengeksekusi mati Sekarmadji. Soekarno berang, “Mengapa sahabatku dibunuh?”. Itu sebabnya, Nasution digeser dari jabatannya oleh Soekarno, dan hanya memegang jabatan seremonial, menjadi kepala staff angkatan bersenjata. Hubungan Soekarno dan TNI menjadi renggang.
Kehilangan Semaun, terus Musso, dan sahabatnya Sekarmadji, Soekarno merumuskan NASAKOM. Dia mengajukan konsep penyatuan ketiga aliran ideologis itu. Nasionalisme, Islamisme [Agama] dan Komunisme. Soekarno selalu mengatakan, ketiga ideologi tersebut tidak semestinya saling bertikai dan berebut pengaruh, ketiganya bisa sejalan. Dia berkali-kali menyebut, Nasakom adalah perasan dari Pancasila. Ketiga aliran ideologi tersebut, memiliki titik temu yang sama, yaitu anti kapitalisme dan liberalisme. Ketiga aliran ideologi itulah yang sama-sama memperjuangkan kemerdekaan nusantara.
Sayang, konsep Nasakom itu belum matang, telah terjadi peristiwa tahun 1965 yang mengubah haluan arah bangsa dalam sehari. Soeharto yang pro Barat naik kepanggung politik nasional, dan menjadi pimpinan tertinggi. Atas perintahnya, Komunis dihancurkan, Islam dibonsai. Komunis dijadikan ideologi terlarang, Islam dimata-matai dan gerakannya diberangus. Soeharto melakukan pembajakan yang gila-gilaan atas Pancasila. Dalam versi sejarah bangsa yang dibuatnya, Soekarno malah dikesankan telah melakukan pengkhiatan atas Pancasila yang dirumuskannya sendiri. Melalui publikasi yang gencar dan penguasaan sepenuhnya atas kurikulum pendidikan, rakyat dan generasi bangsa dimasa Orba dibuat trauma, atas apapun yang berbau komunis maupun terhadap simbol-simbol Islam bahkan termasuk phobia terhadap upaya-upaya pengagungan kepada Soekarno.
Bagi Soekarno, komunisme dan Islamisme memiliki peran besar dalam perjuangan berdirinya Indonesia termasuk dalam upaya mempertahankan kemerdekaan. Menurutnya nasionalisme yang bisa menjembatani keduanya.
Bagi Soeharto, militer dan tentaralah yang satu-satunya berperan dalam kemerdekaan dan upaya mempertahankannya. Tidak orang-orang kiri, tidak pula kaum santri. Peran para santri dan kaum kiri dalam revolusi kemerdekaan, dipotong habis dari rekaman pita sejarah.
Revolusi telah memangsa anaknya sendiri. Mereka yang pahlawan, dikenal sebagai pengkhianat, mereka yang berkhianat dikenang sebagai pahlawan. Tugas kitalah meluruskan kembali perjalanan sejarah bangsa yang disimpangkan.
