Semakin bertambahnya usia, JNE berkeinginan besar untuk tumbuh dan berkembang. Hal itu dibuktikan pada tahun 1991, satu tahun setelah didirikannya. Perusahaan ini bergabung sebagai anggota asosiasi perusahaan-perusahaan kurir beberapa negara asia (ACCA) yang memiliki markas di Hongkong.
Pada tahun 1993 JNE memulai perkembangannya di Indonesia dengan membangun jaringan domestik.
Perkembangan JNE dalam membangun jaringan domestik dibuktikan dengan pada tahun 1994, ia mulai membuka cash counter di beberapa kota di Indonesia. Hingga pada tahun 1996, perusahaan kurir yang awalnya berjumlah delapan orang, mulai membuka agen.
Pada saat Indonesia sedang dilanda krisis moneter tahun 1998, JNE tidak gentar dan gulung tikar. Ia malah meluncurkan Service Super Speed (Service SS).
Seperti dilansir dari laman JNE, Super Speed adalah layanan pengiriman dengan mengutamakan kecepatan dan penyampaiannya sesuai dengan waktu yang telah ditentukan atau disepakati.
Hal ini membuat JNE membuktikan bahwa ia bisa bangkit dan berkembang disaat Indonesia sedang krisis moneter saat itu.
Setelah melewati krisis, logo baru JNE diperkenalkan pada tahun 2000.
Untuk menjamin kepuasan konsumen, JNE mengeluarkan layanan Yakin Esok Sampai (YES) pada tahun 2003.
Semakin berkembangnya JNE sebagai perusahaan kurir di Indonesia, membuat JNE harus terus berinovasi dan menjaga kenyamanan konsumen. Hal tersebut membuat JNE menjadi perusahaan yang tidak sembarangan, pada tahun 2005 ia membentuk layanan diplomat.
Inovasi dari JNE terus dilakukan, hingga munculnya produk Pesanan Oleh-Oleh Nusantara (PESONA) pada tahun 2009. Ini membuat JNE bisa dipercaya sebagai perusahaan kurir yang dapat mengantarkan makanan khas Indonesia tanpa harus ke daerah asalnya.
Kerjasama terus dilakukan hingga pada tahun 2016 JNE bisa menghasilkan program 7Magnificent, my JNE & JNE ECO Courier.
