Setahun berikutnya, pada 1962, Putera Purbalingga itu pergi ke ujung timur negeri untuk mendirikan universitas sana. Lahirlah Universitas Cenderawasih, dimana Prof. Soegarda kemudian sekaligus menjadi rektor pertamanya sampai degan 1967.
Proses pendirian Universitas Cenderawasih tidaklah mudah. Keadaan Irian Barat saat itu masih bergolak. Wilayah ujung timur itu belum sepenuhnya bergabung ke Indonesia, Belanda masih bercokol di sana. Pada 1 Oktober 1962 Belanda baru menyerahkan otoritas administrasi Iran Barat kepada United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA). Lalu dilanjutkan pada 31 Desember 1962, bendera Belanda resmi diturunkan dan diganti dengan bendera Merah Putih menjadi tanda dimulainya kekuasaan de jure Indonesia atas tanah Papua, namun masih di bawah pengawasan PBB.
Sebagai negara yang masih berusia muda pada saat itu ditambah dengan wilayah Irian Barat yang baru bergabung dengan Indonesia tentunya banyak sekali persoalan yang harus diatasi. Pada sektor pendidikan, tingkat tertinggi hanyalah PMS (Primaire Middelbare School) sekolah setingkat SMP dan HBS yang diselenggarakan oleh misionaris yang saat itu belum menghasilkan lulusan. Oleh karena itu, tugas yang diemban oleh Soegarda sangatlah berat untuk mendirikan perguruan tinggi di Tanah Papua.
Beliau memimpin tim yang beranggotakan Ismail Suny, SH, M.C.L dan Makkateru Sjamsudin. Akhirnya tugas dan kerja keras Prof. Soegarda membuahkan hasil tatkala pada tanggal 10 November 1962 yang bertepatan dengan Hari Pahlawan, diresmikanlah Universitas Cendrawasih di Kotabaru (sekarang Jayapura).
Pada proses pendirian univesitas di Papua, tugas Soegarda diringankan dengan hubungan baiknya dengan seorang administrator UNTEA yang bernama Mr. Jose Rols Bennet, ternyata selain pejabat UNTEA, Ia juga seorang guru besar seperti halnya Soegarda. Malahan, relasinya itu turut membantu memudahkan peralihan kekuasaan dari UNTEA ke Pemerintah Republik Indonesia sehingga secara de facto Irian Barat sepenuhnya di pangkuan Republik Indonesia pada 1 Mei 1963.
Prof. Soegarda kemudian diangkat sebagai Pimpinan Presidium Universitas Cendrawasih melalui Keputusan Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 16218/UP/II/1962. Kemudian pada tanggal 5 Februari 1965, melalui Keputusan Menteri PTIP nomor 598/UP/II/1965, beliau diangkat menjadi rektor pertama Universitas Cendrawasih. Beliau menjabat sebagai rektor sampai 1967.
Setelahnya, beliau masih aktif di dunia pendidikan. Pada 1981, di usia senjanya, Prof. Soegarda bahkan masih diminta menjabat sebagai rektor Universitas Tujuh Belas Agustus (UNTAG) Jakarta.
Sebagai tokoh pendidikan, Prof Soegarda mengutamakan konsepsi pendidikan. "Acapkali kita tidak berpikir konsepsional, kurang lengkap, tidak bulat, sepotong-potong. Padahal pendidikan harus ada konsep jelas mulai tujuan sampai pencapaian," ujarnya.
Menurutnya, konsep itu harus didasarkan pada kenyataan obyektif yang ada pada bangsa ini. Misalnya, jika masyarakat kita agraris maka pendidikan sebaiknya melihat dan memberi tekanan pada kenyataan ini.
Selain mengajar, Soegarda juga rajin menulis. Beliau mengisi kolom tentang pendidikan di surat kabar dan majalah. Banyak buku yang lahir dari buah pikir Prof Soegarda masih menjadi referensi pendidikan hingga saat ini . Daftar buah karya beliau diantaranya :
- Sekitar Perihal Dasar-Dasar Baru untuk Pendidikan dan Pengajaran (1955)
- Sekolah dan Masyarakat (1955)
- Pengantar Pedagogik (1955)
- Aliran-Aliran Baru dalam Pendidikan (1957)
- Pendidikan Budi Pekerti (1960)
- Dasar dan Tujuan Penddikan dan Pengajaran (1970)
- Pendidikan Dalam Alam Indonesia Merdeka (1970)
- Suatu Pemikiran Mengenai Pendidikan Indonesia (1971)
- Ensiklopedi Pendidikan (1976)
