Lagu ini pun pernah dipopulerkan kembali oleh Emha Ainun Nadjib bersama Kyai Kanjeng dengan perubahan dalam pembawaan, baik melodi, kemasan, dan beberapa penambahan lirik. Kemudian di tahun 2005 tombo ati dipopulerkan kembali oleh Opick, seorang penyanyi religius dengan kategori yang lebih pop. Dan usahanya tidak sia-sia dalam mempopulerkan lagu rakyat tersebut.
Versi kedua, tombo ati adalah nyanyian atau syair berbahasa arab ciptaan Sayyidina Ali yang digubah oleh KH. Bisri Mustofa ayahanda dari Gus Mus Rembang kedalam bahasa Jawa dengan judul tersebut. Tombo ati berisikan lima pesan untuk seorang muslim jika ingin mendapatkan ketenangan hati.Â
Oleh karenanya kelima pesan tersebut dinamai Tombo yang artinya obat. Tombo ati selain menunjukkan pesan kemuliaan juga menunjukkan identitas islam yang terbuka. Artinya islam bisa bisa disampaikan danditerima dengan ajaran-ajaran yang dibalut kalimat-kalimat mudah untuk dipahami.
Pesan pertama menganjurkan kita membaca Al Quran dengan maknanya. Dalam kalimat ini menujukkan perlunya pemahaman mendalam mencari lautan makna serta pengamalan yang utuh. Kita dianjurkan bergerak dari dunia formal menuju kedalaman nilai.Â
Membaca Al Qur'an tidak hanya kuantitas tetapi lebih penting dari itu ialah mendalami makna dan meresapinya. Hal ini juga menyiratkan bahwa dakwah islam mengharuskan untuk mengedepankan nilai esensial daripada sekedar formalitas belaka.Â
Rasulullah Saw mengajarkan Al Qur'an pada para sahabat juga ayat demi ayat beserta penjelasanya yang terperinci dan mendalam. Tidak hanya itu, para pendahulu penyiar islam di nusantara juga mengajarkan islam melalui media-media dakwah dibalut adat istiadat yang ada. Dalam proses dakwah tersebut sang pendakwah memasukkan satu ayat atau hikmah untuk diselami lautan maknanya.
Keluasan makna dalam anjuran membaca Al Qur'an serta maknanya tertuju pada keluasan ilmu. Pintu kemajuan peradaban adalah ilmu pengetahuan. Sejarah kemajuan islam juga tidak lepas dari peranan ilmu.Â
Seperti halnya dalam catatan sejarah islam akan kemajuan Dinasti Abbasiyah karena para khalifahnya yang mencintai ilmu pengetahuan. Didirikannya Baitul Hikmah dan majelis-majelis diskusi menjadikan Abbasiyah berumur panjang.Â
Dari sejarah ini kita mengambil hikmah betapa mulianya ilmu dan para pencari ilmu. Allah Swt senantiasa mencurahkan rahmat dan kasih sayangNya bagi siapapun yang tekun menekuni dan mempelajari ayat-ayatnya serta menyelami maknanya.Â
Tradisi-tradisi keilmuan demikian lah yang mungkin saat ini dirindukan kembali. Kita  manusia modern saat ini mungkin sering terjebak pada keilmuan praktis dengan meninggalkan kekhusyukan belajar dengan menyelami beberapa ilmu pengetahuan.
Sering kita mendengar bahwa mausia terbentuk oleh lingkungannya. Artinya manusia memiliki sifat terbuka terhadap realitas di sekitarnya. Maka tidak mengherankan jika pendidikan karakter yang baik dan luhur ditanamkan pada anak-anak usia dini agar kelak ia memperoleh pondasi kuat dalam bergaul dengan lingkungannya serta bisa memilih lingkungan yang baik untuk dirinya.