Kelemahan di bidang ini boleh dibilang merupakan "wabah"yang menjangkiti sebagian besar madrasah. Banyak faktor yang ditengarai menjadi salah satu penyebab utama problematika di madrasah adalah manajemen yang lemah.Keberhasilan suatu organisasi sangat ditentukan dari unsur pemimpin/manajer.Manajer merupakan kunci atau penentu yang akan merencanakan, menggerakkan, mengawasi dan mengevaluasi jalannya organisasi.
Hasil penelitian Ornstein dan Levine (1989) dalam (Sagala, 2006:71) merumuskan karakterik efektifitas madrasah yang meliputi tujuh hal, yaitu: (1) lingkungan yang aman dan teratur yang mendukung proses belajar; (2) misi dan komitmen kerjasama staf madrasah yang jelas; (3) karakteristik kepemimpinan instruksional yang lugas oleh kepala madrasah; (4) iklim yang mendukung bagi murid untuk mencapai ketrampilan yang tinggi; (5) perencanaan dan pelaksanaan yang dapat memberikan hasil belajar siswa; (6) melakukan pemantauan atas kemajuan belajar siswa dan memperbaiki instruksional; (7) hubungan madrasah dan keluarga yang positif yaitu orang tua memainkan peranan yang penting untuk mendukung misi dasar madrasah dalam membantu pencapaian tujuan madrasah.
Kementerian Agama adalah salah satu institusi vertikal  yang memiliki satker terbanyak dimana salah satunya menaungi lembaga madrasah mencatat data madrasah yang resmi memiliki ijin operasional sebagai berikut ; Jumlah madrash/RA ; 83.543 lembaga, dengan sebaran RA ;  30.148 lembaga,  MI ; 25.840, MTs ; 18.380 , MA; 9.150 lembaga. Sedangkan untuk Provinsi Jawa Timur ;  20.378 lembaga. Jumlah Lembaga di  Kota Blitar ;  38, dengan rincian ; RA ; 17 lembaga, MI ; 10 lembaga ( 1 negeri , 9 swasta ), MTs ; 7 lembaga ( 2 negeri, 5 swasta ),MA ; 4 lembaga ( 1 negeri, 3 swasta ). Bisa dilihat dari data tersebut 95% Lembaga madrasah diselenggarakan oleh masyarakat / swasta.
Sisi lain dari problematika yang dihadapi  sebagian madrasah terutama yang diselenggarakan oleh masyarakat yakni :
a.Kualitas  Sumber Daya Manusia (SDM) pengelola lembaga pendidikan.
b.Kualitas Sumber Daya Manusia (SDM) Guru dan Tenaga Kependidikan (GTK).
c.Kesejahteraan Guru dan Tenaga Kependidikan (GTK).
d.Bangunan sarpras yang sebagian besar kurang representatif.
e.Status kepemilikan tanah belum jelas.
f.Berlokasi di tempat yang kurang strategis.
g.Luas lahan yang mengakibatkan sulit untuk pengembangan
