Pada dasarnya, secara organisasional, madrasah merupakan organisasi yang mengelola diri (self-organized) untuk tumbuh dan berkembang sesuai dengan karakteristiknya. Dan pengelolaan diri ini dijalankan oleh para pemimpin madrasah melalui sebuah mekanisme manajemen operatif. Namun, karena madrasah di Indonesia merupakan sub sistem dalam makro sistem pendidikan nasional dan tanggung jawab pengelolaannya dibebankan pada Kementerian Agama, maka pengelolaan diri madrasah secara individu tidak cukup memberikan dampak perubahan yang signifikan dan luas bagi peningkatan kualitas hidup masyarakat muslim Indonesia saat ini. Hal tersebut karena kondisi madrasah yang yang tergolong miskin dalam berbagai sumber, termasuk sumber daya manusianya dan inilah salah satu poblem yang menyelimuti kehidupan madrasah.
Berbagai hal yang yang melatarbelakangi persoalan tentang kelemahan manajerial madrasah adalah sebagai berikut:
1. Ketidakjelasan Misi, Visi dan Tujuan Madrasah
Dalam bukunya Total Quality Management in Education, Edward Sallis mengemukakan bahwa dalam suatu organisasi tanpa visi, maka perubahan tidak mungkin, tanpa misi maka perubahan bisa salah arah, tanpa insentif, perubahan lama terjadi,tanpa sumber daya perubahan tidak akan terwujud, dan tanpa fasilitas, maka perubahan hanya sedikit. Jika madrasah telah mencanangkan misi dan visi yang jelas, maka tujuan tujuan akan muah dicapai, dilaksanakan, dikontrol dan dievaluasi.
2.Ketidakjelasan struktur dan Tata Kerja
 Seringkali terjadi tumpang tindih di lapangan antara  wewenang yayasan dengan pengelola madrasah. Salah satu konflik laten dalam pengelolaan madrasah adalah perbedaan kepentingan antara pihak pengelola madrasah dengan yayasan. Yayasan sebagai pemilik biasanya memiliki posisi tawar yang lebih, dan pada umumnya menggunakan kekuasaannya untuk mengatur segala hal. Sebaliknya, madrasah cenderung tidak atau kurang memiliki posisi tawar sehingga secarapsikologis menjadikan pengelola madrasah tersubordinasikan.
 3.Kurangnya keterlibatan madrasah
Sebelum isu desentralisasi pendidikan digulirkan dan lebih khusus lagi dengan adanya pendidikan berbasis masyarakat, madrasah adalah salah satu model pendidikan berbasis masyarakat yang telah lama ditengah-tengah masyarakat.Akan tetapi, perkembangan selanjutnya madrasah yang didirikan masyarakat tersebut kemudian mengalami kemandegan inilah problem klasik yang sering muncul.Ketika madrasah sudah berdiri, maka keterlibatan aktif masyarakat untuk memikirkan nasib, kelangsungan hidup (apalagi pengembangan dan kemajuan) madrasah relatif kurang (kalau tidak bisa dikatakan tidak ada). Â
4. Lemahnya jaringan (Network)
Banyak terjadi di masyarakat kita, bahwa dalam satu daerah tertentu terdapat beberapa madrasah yang berdampingan tetapi belum bisa bergandeng tangan secara maksimal, yang terjadi malah sebaliknya saling mematikan.Ini tentu saja salah satu faktor mindset yang kurang tepat.Harusnya bermitra untuk maju bersama.
 5. Lemahnya manajemen
