Pada masa reformasi, Sistem Pendidikan Nasional masih diatur oleh UUSPN nomor 2 tahun 1989 yang menurut banyak kalangan sudah tidak sesuai dengan Undang-Undang No. 22 tahun 1999 tentang otonomi daerah, pasal 11 yang menyatakan tentang " Daerah berkewajiban menangani pendidikan". Atas dasar kritikan itulah, disusun dan disahkan Undang-Undang No. 20 tahun 2003 tantang Sistem Pendidikan Nasional.
Kehadiran lembaga madrasah ini berawal dari fenomena ketidakpuasan terhadap sistem pesantren yang lebih menitikberatkan agama, sebaliknya  pada sistem pendidikan umum justru ketika itu tidak menghiraukan agama. Dengan demikian kehadiran madrasah dilatarbelakangi oleh keinginan untuk memberlakukan secara berimbang antara ilmu agama dengan ilmu pengetahuan umum dalam pendidikan dikalangan umat Islam. Atau dengan kata lain madrasah merupakan perpaduan sistem pendidikan pesantren dengan pendidikan kolonia,( Sunhaji, Manajemen Madrasah 2006:8).
Sebagai lembaga pendidikan Islam setidak-tidaknya munculnya madrasah mempunyai empat latar belakang, yaitu:
1) Sebagai manifestasi dan realisasi pembaruan sistem pendidikan Islam
2) Upaya penyempurnaan terhadap sistem pesantren ke arah suatu sistem pendidikan yang lebih memungkinkan lulusannya untuk memperoleh kesempatan yang sama dengan sekolah umum. Misalnya, masalah kesamaan kesempatan kerja dan memperoleh ijazah.
3) Adanya sikap mental pada sementara golongan umat Islam, khususnya santri yang terpaku pada Barat sebagai sistem pendidikan mereka.
4) Sebagai upaya menjembatani antara sistem pendidikan tradisional yang dilakukan oleh pesantren dan sistem pendidikan modern dari hasil akulturasi.
Menurut pendapat Sulistyorini, Manajemen Pendidikan Islam;Konsep, Strategi dan Aplikasi, (. 2009:13), manajemen pendidikan adalah suatu kegiatan atau rangkaian kegiatan yang berupa proses pengelolaan usaha kerja sama sekelompok manusia yang tergabung dalam organisasi pendidikan, untuk mencapai tujuan Pendidikan yang telah ditetapkan sebelumya, agar efektif dan efisien. Tak dapat disangkal lagi bahwa manajemen adalah suatu hal penting yang menyentuh, mempengaruhi dan bahkan merasuki hampir seluruh aspek kehidupan manusia layaknya darah dan raga. Juga telah dimengerti bahwa dengan manajemen, manusia mampu mengenali kemampuannya berikut kelebihannya dan kekurangannya. Begitu juga dalam dimensi pendidikan Islam manajemen telah menjadi sebuah istilah yang tak dapat dihindari demi tercapainya suatu tujuan. Untuk mencapai tujuannya, maka pendidikan Islam mesti dan harus memiliki manajemen yang baik dan terarah.Kerjasama sekelompok manusia melalui pemanfaatan sumber daya manusia ataupun non manusia penting dilakukan untuk mencapai tujuan madrasah agar efektif dan efisien.
Setiap kebijakan baru biasanya diambil  dikarenakan oleh beberapa hal, seperti perlunya melakukan perubahan baik secara parsial maupun holistik, adanya koreksi sebagai bagian dari hasil evaluasi, perlunya dilakukan penyesuaian terhadap keinginan dan kebutuhan yang mendesak, serta pelibatan manusia secara efektif di lingkungan organisasi dan sebagainya. Oleh karena itu, perubahan pada dasarnya merupakan kata kunci di samping karena adanya kesadaran untuk melakukan hal yang terbaik dalam setiap pekerjaan yang menjadi tanggungjawab siapa saja.
Supriyadi dan Jalal dalam Menggagas Paradigma Baru Pendidikan, Demokratisasi, ( 2001:23), berpendapat dalam konteks pendidikan, perubahan merupakan sesuatu yang sangat mendasar dan dibutuhkan, sebab pendidikan sangat erat kaitannya dengan nasib suatu bangsa ke depan dan bagaimana bangsa itu melaksanakan atau mencapai tujuan nasionalnya. Itulah sebabnya setiap negara melakukan perubahan terhadap sistem nasionalnya setiap saat. Walaupun terkadang perubahan tersebut adakalanya dilakukan dengan mendapat bantuan dari negaa lain, atau karena memang telah ada kesadaran dari diri sendiri untuk melakukan perubahan.Jika diperhatikan kasus Indonesia dalam melakukan perubahan, sebenarnya perubahan tersebut karena adanya kesadaran dari bangsa Indonesia itu sendiri dan juga karena adanya bantuan dari negara lain atau dari badan dunia.
Lahirnya Undang -- undang nomor 20 tahun 2003 tentang sistem pendidikan nasional menjadi angin segar bagi dunia Pendidikan Islam,dimana  memposisikan madrasah dan lembaga pendidikan lainnya (persekolahan) sama, yaitu sebagai bagian tak terpisahkan dari sistem pendidikan nasional. Sebagai lembaga pendidikan, baik madrasah maupun sekolah berfungsi mengembangkan kemampuan dan membentuk watak serta peradaban yang bermartabat dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa, bertujuan untuk berkembangnya potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlaq mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab.
