Akhirnya masa kelam Barito Putera terjadi saat klub ini menempati peringkat juru kunci (peringkat 20) pada Ligina 2003 dan harus terdegradasi ke Divisi I. Seolah belum berhenti, Barito Putera  harus turun ke kasta paling bawah yaitu Divisi II pada tahun berikutnya.
Berkutat di Divisi II selama 3 tahun, hingga akhirnya sang pemilik sekaligus pendiri, H. Sulaiman HB menugaskan putera bungsunya Zainal Hadi untuk menjadi manager tim yang didirikannya tahun 1988 lalu itu. Masih dalam kondisi krisis, Zainal bergerak cepat dengan memanggil mantan pemain Barito Putera Salahudin yang sukses mengantarkan Persepar Palangkaraya ke Divisi I Liga Indonesai musim 2007.
Dalam keadaan terpuruk, sang pelatih anyar memikul tanggung jawab cukup berat untuk mengembalikan kejayaan Barito Putera seperti pada musim 1994/1995 saat dimana waktu itu dia juga ikut menjadi pemain. Dengan segala keterbatasan, Salahudin berhasil mengumpulkan materi pemain yang mempunyai semangat juang tinggi dan akhirnya berhasil meraih Juara Divisi II pada 2008 yang artinya otomatis mendapat tiket promosi ke Divisi I.
Salahudin kembali membangkitkan gairah Laskar Antasari untuk kembali naik kasta tertinggi Liga Indonesia (Liga Super Indonesia). Tahapan demi tahapan ibarat anak tangga yang harus dinaiki oleh klub yang bermarkas di Stadion 17 Banjarmasin ini.
Gairah tim kembali membara, pilar-pilar terbaik disetiap lini mulai dihadirkan, diantaranya Sugeng Wahyudi, Husin Mugni, Dwi Permana, Zulkan Arief, Andre Djoko dan Sartibi Darwis. Pada musim pertamanya di Divisi I, Barito Putera sanggup bertahan.
Pada musim berikutnya yaitu 2009/2010 Barito Putera kembali naik kasta ke Divisi Utama. Pelatih kelahiran Palembang Sumatera Selatan ini hanya butuh dua musim untuk membawa Tim Seribu Sungai promosi ke Liga Super Indonesia (LSI), tepatnya musim 2011/2012.Â
Barito Putera memastikan diri promosi ke LSI setelah mengalahkan Persepam Pamekasan 2-0 dalam semifinal Divisi Utama Liga Indonesia yang diselenggarakan di Stadion Manahan Solo. Artinya, sebuah prestasi besar telah Salahudin torehkan untuk Barito Putera, yaitu 3 kali promosi dalam rentang hanya 5 tahun.
Akhirnya, hari Minggu malam, 8 Juli 2012 seluruh pecinta Barito Putera menyaksikan tim Kota Seribu Sungai ini berhasil mengangkat Piala Divisi Utama. Meski gelar juara kasta kedua, namun prestasi ini tentu sangat membanggakan. Sejak 18 tahun Liga Indonesia digelar, akhirnya  Barito Putera berhasil mengangkat Piala, meski bukan piala Liga Super Indonesia. Sebuah torehan yang sangat dinanti oleh Barito Mania (Bartman), julukan bagi pendukung Barito Putera.
Prestasi Salahudin bersama Barito Putera pada musim pertamanya di LSI-2013 Â pun tak bisa dibilang jelek, Barito Putera finish di peringkat 6 dari 18 tim yang berlaga. Pelatih yang pernah mencicipi gelar juara Sea Games 1991 Manila tersebut masih dipertahankan oleh manajemen.