Sudah menjadi persoalan lama mengenai adanya Gerakan bersenjata di tanah Papua. Kelompok ini kerap dinamakan sebagai Organisasi Papua Merdeka (OPM) dengan pasukan bernama Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat (TPNPB) yang ingin Papua memisahkan diri dari Indonesia dan ingin membentuk negara yang berdaulat di Papua. Isu mengenai ras dan ekonomi selalu menjadi senjata para kelompok separatis ini ingin memisahkan diri dari NKRI.
Seperti yang sekarang sedang ramai di pemberitaan nasional, diculiknya pilot Susi Air oleh kelompok seperatis di Papua menambah daftar panjang bentrok ataupun kekerasan yang terjadi di bumi cenderawasih. Bentrokan belakangan semakin meningkat dengan banyaknya anggota TNI/Polri yang ditaruh di Papua dengan tujuan keamanan maupun untuk membasmi pergerakan seperatis yang ada di daerah-daerah rawan konflik.
Namun penempatan militer dalam jumlah yang banyak di Papua justru menimbulkan konflik antara para pendatang dengan penduduk setempat yang seharusnya untuk menjaga keamanan di Papua malah membuat stabilitas keamanan semakin tidak terkendali. Kasus terakhir yaitu pembunuhan dan mutilasi empat orang Papua yang dilakukan oknum TNI yang sempat menggemparkan masyarakat pada tahun lalu.
Dalam melihat kelompok teroris di Papua, masyarakat Indonesia kerap menganggap hanya terdapat satu kelompok teroris besar yang menaungi kelompok-kelompok kecil lainnya, padahal dalam kenyataannya kelompok-kelompok kecil ini memang bergerak secara sendiri-sendiri dan tak jarang sesama kelompok separatis saling menyerang.
BNPT dan Polri yang merupakan dua lembaga pemerintah saja memetakan kelompok-kelompok bersenjata di Papua dengan jumlah yang berbeda, dilansir dari merdeka.com, BNPT mengatakan terdapat 7 kelompok yang sering melakukan aksi penembakan, sedangakn Polri memetakan ada 8 kelompok.Â
Dari pemberitaan tersebut dapat terlihat bahwa sesama lembaga pemerintah saja tidak berhasil menemukan satu hal yang pasti untuk sekadar jumlah kelompok bersenjata yang ada di Papua belum hal yang mendetail lainnya. Itulah yang membuat sering kita melihat pemberitaan tentang TNI/Polri yang berhasil mengadakan perundingan damai kelompok seperatis namun konflik terus terjadi dengan kelompok seperatis yang lain.
Untuk mengetahui akar konflik perlu kita melihat sejarah singkat Papua dari kondisi penduduknya hingga alasan masuknya wilayah ini ke NKRI dan juga melihat kasus konflik di negara lain sebagai bahan perbandingan  Â
Keberagaman di Papua
Berdasarkan buku karya Jared Diamond yang berjudul "Guns, Gems, and Steel (Bedil, Kuman, & Baja)", Pulau Papua ini memiliki fragmentasi yang sangat tinggi. Ini terlihat dari 6.000 bahasa didunia 1.000 diantaranya berada pada pulau yang luasnya tidak jauh dengan negara bagian Texas, Amerika Serikat, dengan setiap Bahasa mayoritas hanya memiliki penutur 500 orang dan paling banyak 100.000 penutur. Fragementasi ini juga didukung dengan perang sporadis antar desa disana.
Selain itu medan yang sulit di Papua membuat isolasi geografi di pulau itu dan mengakibatkan terbatasnya masuknya teknologi atau gagasan dari daerah lain atau pulau lain yang berakibat pada penduduk pulau ini tertinggal dengan daerah lain di dunia dan diperparah dengan daerah sekitar Papua (Indonesia Timur & Benua Australia) tidak jauh berbeda kondisinya dengan Papua dan mengalami banyak perubahan ketika bangsa Eropa mulai memasuki daerah tersebut pada abad ke-15.